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万見
- PDB-2h9a: Corrinoid Iron-Sulfur Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h9a
タイトルCorrinoid Iron-Sulfur Protein
要素
  • CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase, iron-sulfur protein
  • Carbon monoxide dehydrogenase corrinoid/iron-sulfur protein, gamma subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / heterodimer / beta-alpha-barrels
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA catabolic process / methyltransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11600 / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex, gamma subunit / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit, TIM barrel / : / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / 4Fe-4S domain / Putative Fe-S cluster / 4Fe-4S domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like ...Rossmann fold - #11600 / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex, gamma subunit / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit, TIM barrel / : / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / 4Fe-4S domain / Putative Fe-S cluster / 4Fe-4S domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / IODIDE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase, iron-sulfur protein / Carbon monoxide dehydrogenase corrinoid/iron-sulfur protein, gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dobbek, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural insights into methyltransfer reactions of a corrinoid iron-sulfur protein involved in acetyl-CoA synthesis.
著者: Svetlitchnaia, T. / Svetlitchnyi, V. / Meyer, O. / Dobbek, H.
履歴
登録2006年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbon monoxide dehydrogenase corrinoid/iron-sulfur protein, gamma subunit
B: CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase, iron-sulfur protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,09320
ポリマ－82,3802
非ポリマー3,71218
水10,178565
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.030, 44.270, 100.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1759-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbon monoxide dehydrogenase corrinoid/iron-sulfur protein, gamma subunit


分子量: 48469.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
参照: UniProt: Q3ACS3
#2: タンパク質 CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase, iron-sulfur protein


分子量: 33910.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Carboxydothermus hydrogenoformans (バクテリア)
参照: UniProt: Q3ACS0

-
非ポリマー , 4種, 583分子

#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, 1mM beta-mercaptoethanol, 100 mM KI, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月11日
放射モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 48806 / Num. obs: 48659 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.26 1460 Random
Rwork0.203 --
all0.207 48805 -
obs0.207 48659 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5288 0 115 565 5968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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