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万見
- PDB-2h95: Structure of the Amantadine-Blocked Influenza A M2 Proton Channel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h95
タイトルStructure of the Amantadine-Blocked Influenza A M2 Proton Channel Trans-membrane Domain by Solid-state NMR spectroscopy
要素Matrix protein 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ALPHA HELIX / PROTEIN-LIGAND
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / channel activity / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
手法個体NMR / ENERGY MINIMIZATION WITH ORIENTATIONAL CONSTRAINTS
データ登録者Hu, J. / Asbury, T. / Cross, T.A.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007
タイトル: Backbone structure of the amantadine-blocked trans-membrane domain m2 proton channel from influenza a virus.
著者: Hu, J. / Asbury, T. / Achuthan, S. / Li, C. / Bertram, R. / Quine, J.R. / Fu, R. / Cross, T.A.
履歴
登録2006年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein 2
B: Matrix protein 2
C: Matrix protein 2
D: Matrix protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8344
ポリマ－7,8344
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 72structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Matrix protein 2


分子量: 1958.496 Da / 分子数: 4 / 断片: TRANSMEMBRANE DOMAIN (RESIDUES 26-43) / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPTIDE WAS SYNTHESIZED USING SOLID PHASE PEPTIDE SYNTHESIS. THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN THE INFLUENZA A VIRUS (UDORN/72).
参照: UniProt: P35938, UniProt: Q3LZC0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験タイプ: solid-State NMR PISEMA

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試料調製

詳細内容: M2-TMD (~120 mg) and DMPC (~75 mg) were first co-dissolved in 10 ml TFE, followed by the removal of the solvent under vacuum. The peptide/lipid mixture was rehydrated and sonicated to make ...内容: M2-TMD (~120 mg) and DMPC (~75 mg) were first co-dissolved in 10 ml TFE, followed by the removal of the solvent under vacuum. The peptide/lipid mixture was rehydrated and sonicated to make liposomes in a citrate-borate-phosphate (CBP) buffer (pH 8.8) with 1 mM EDTA and 10 mM amantadine at 310 K. The liposomes were pelleted by ultracentrifugation . Then the pellet was spread on glass slides and dehydrated in a 75% humidity chamber. The dehydrated slides were rehydrated with 1.5 microl liter CBP buffer per slide followed by being stacked into a glass tube and incubated at 316 K for 24 hours in 96% relative humidity. Finally, the glass tube was sealed at both ends with epoxy and two glasscaps.
溶媒系: oriented peptide/lipid bilayer of M2_TMD and DMPC
試料状態pH: 8.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 400 MHz

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解析

NMR software名称: XPLOR-NIH / バージョン: 2.9.9 / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore / 分類: 精密化
精密化手法: ENERGY MINIMIZATION WITH ORIENTATIONAL CONSTRAINTS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT IN VACUO ON INITIAL MONOMER COORDINATES CONSISTING OF TWO ALPHA-HELICAL FRAGMENTS (3.6 RESIDUES PER TURN) HAVING TILT AND ROTATIONAL ORIENTATIONS WITH RESPECT TO ...詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT IN VACUO ON INITIAL MONOMER COORDINATES CONSISTING OF TWO ALPHA-HELICAL FRAGMENTS (3.6 RESIDUES PER TURN) HAVING TILT AND ROTATIONAL ORIENTATIONS WITH RESPECT TO THE BILAYER DERIVED FROM PISEMA DIPOLAR WAVE ANALYSIS. ENERGY MINIMIZATION USED A GLOBAL PENALTY FUNCTION INCORPORATING ORIENTATIONAL RESTRAINTS, HYDROGEN BONDING AND THE CHARMM EMPIRICAL FUNCTION. THE ORIENTATIONAL RESTRAINTS IMPOSED ON THE STRUCTURE DURING REFINEMENT ARE 16 15N CHEMICAL SHIFTS AND 16 15N-1H DIPOLAR COUPLINGS FROM PISEMA EXPERIMENTS. A SYMMETRIC, TETRAMERIC BUNDLE MODEL OF M2-TMD WAS CONSTRUCTED BY A SERIES OF RIGID-BODY TRANSFORMATIONS OF THE REFINED M2-TMD MONOMER. THE RESULTING HOMO-TETRAMER IS THE LOWEST FREE ENERGY CONFORMER BASED ON ROTATIONAL CONFORMATIONAL SEARCH. NOTE THAT THE HIS37 AND TRP41 SIDECHAIN POSITIONS ARE CONSISTENT WITH MEASURED ORIENTATIONAL CONSTRAINTS. THE ROTAMERIC STATES OF OTHER RESIDUES ARE TAKEN FROM A BACKBONE DEPENDENT SIDECHAIN ROTAMER LIBRARY (SCRWL).
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 72 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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