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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h8z | ||||||
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タイトル | Xenobiotic Reductase A in complex with 8-Hydroxycoumarin | ||||||
要素 | Xenobiotic reductase A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / beta-alpha barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Dobbek, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Xenobiotic reductase A in the degradation of quinoline by Pseudomonas putida 86: physiological function, structure and mechanism of 8-hydroxycoumarin reduction. 著者: Griese, J.J. / Jakob, R.P. / Schwarzinger, S. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The strain is Pseudomonas putida 86 and not Pseudomonas putida KT2440 as in the aminoacid ...SEQUENCE The strain is Pseudomonas putida 86 and not Pseudomonas putida KT2440 as in the aminoacid sequence database reference |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h8z.cif.gz | 97.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h8z.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h8z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h8z_validation.pdf.gz | 819.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h8z_full_validation.pdf.gz | 826 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h8z_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h8z_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/2h8z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39305.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: xenA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88NF7 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-FMN / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Ammonium sulphate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→20 Å / Num. all: 71212 / Num. obs: 67580 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.5 Å / % possible all: 85.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2H8X 解像度: 1.42→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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