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- PDB-2h84: Crystal Structure of the C-terminal Type III Polyketide Synthase ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2h84
タイトルCrystal Structure of the C-terminal Type III Polyketide Synthase (PKS III) Domain of 'Steely1' (a Type I/III PKS Hybrid from Dictyostelium)
要素Steely1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / thiolase-fold / type III polyketide synthase / PKS / chalcone-stilbene synthase superfamily / type I PKS / type I fatty acid synthase / FAS
機能・相同性
機能・相同性情報


resorcinol metabolic process / sorocarp sorus development / sorocarp stalk cell differentiation / sorocarp spore cell differentiation / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / chemotaxis to cAMP / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / aggregation involved in sorocarp development ...resorcinol metabolic process / sorocarp sorus development / sorocarp stalk cell differentiation / sorocarp spore cell differentiation / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Fatty acyl-CoA biosynthesis / chemotaxis to cAMP / chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / aggregation involved in sorocarp development / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Highly reducing polyketide synthase sdgA, C-terminal ACP domain / : / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Zinc-binding dehydrogenase / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : ...Highly reducing polyketide synthase sdgA, C-terminal ACP domain / : / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Zinc-binding dehydrogenase / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable polyketide synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Austin, M.B. / Saito, T. / Bowman, M.E. / Haydock, S. / Kato, A. / Moore, B.S. / Kay, R.R. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / : 2006
タイトル: Biosynthesis of Dictyostelium discoideum differentiation-inducing factor by a hybrid type I fatty acid-type III polyketide synthase.
著者: Austin, M.B. / Saito, T. / Bowman, M.E. / Haydock, S. / Kato, A. / Moore, B.S. / Kay, R.R. / Noel, J.P.
履歴
登録2006年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steely1
B: Steely1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0353
ポリマ-81,7532
非ポリマー2821
6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.957, 83.312, 114.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The crystallized homodimer (Chains A and B) constitutes the biological assembly of this C-terminal domain

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要素

#1: タンパク質 Steely1


分子量: 40876.504 Da / 分子数: 2 / 断片: enzymatic domain, residues 2776-3147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
: AX4 / プラスミド: pHIS-8, pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/CodonPlus / 参照: UniProt: Q55E72
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 17% PEG 17500, 0.5M ammonium formate, 100mM MOPSO-NA+, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.13 Å / Num. all: 17517 / Num. obs: 17517 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Χ2: 2.401 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1710 / Χ2: 2.329 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model based on PDB ENTRY 1BI5
解像度: 2.9→39.13 Å / FOM work R set: 0.846 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: non-crystallographic symmetry (ncs) restraints were increasingly relaxed, and not used in final refinements.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 883 4.9 %Random
Rwork0.199 ---
all0.201 17940 --
obs0.201 17482 97.4 %-
溶媒の処理Bsol: 26.031 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 21.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.572 Å20 Å20 Å2
2---2.985 Å20 Å2
3---5.557 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5564 0 19 366 5949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5342.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.9-2.960.432270.302612639
2.96-3.020.368530.2679881041
3.02-3.090.329470.2639881035
3.09-3.170.257540.2349741028
3.17-3.260.299600.2219771037
3.26-3.350.344670.2579711038
3.35-3.460.285560.239861042
3.46-3.580.247590.1979661025
3.58-3.730.18540.1669931047
3.73-3.90.181510.1759991050
3.9-4.10.212400.17810061046
4.1-4.360.184600.179871047
4.36-4.70.149600.13910061066
4.7-5.170.207490.1510051054
5.17-5.920.199470.20610231070
5.92-7.460.22460.19310441090
7.46-1000.209530.21210741127
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3p6g.param
X-RAY DIFFRACTION4S1Mrn_cisglyAB.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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