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- PDB-2h7h: Crystal structure of the JUN BZIP homodimer complexed with AP-1 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h7h
タイトルCrystal structure of the JUN BZIP homodimer complexed with AP-1 DNA
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
  • Viral jun transforming protein
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / Leucine Zipper / PROTEIN-DNA COMPLEX / Transcription / VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription Factor c-Jun/v-Jun / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper ...Transcription Factor c-Jun/v-Jun / Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Viral jun-transforming protein
類似検索 - 構成要素
生物種Avian sarcoma virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rajan, S.S. / Borovilos, M. / Cuff, M.E. / Kim, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the JUN BZIP homodimer complexed with AP-1 DNA
著者: Kim, Y. / Borovilos, M.
履歴
登録2006年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
Y: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'
A: Viral jun transforming protein
B: Viral jun transforming protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2954
ポリマ－26,2954
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.258, 74.203, 58.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12X
22Y

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYSAC1 - 581 - 58
21LYSLYSLYSLYSBD1 - 581 - 58
12DCDCDGDGXA201 - 2191 - 19
22DCDCDGDGYB201 - 2191 - 19

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 5805.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 5845.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Viral jun transforming protein / v-Jun


分子量: 7321.695 Da / 分子数: 2
Fragment: basic region leucine zipper of v-jun (residues 210-271)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avian sarcoma virus (ウイルス) / 属: Alpharetrovirus / プラスミド: pLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05411
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 400, 50 mM HEPES, 160 mM AmFormate, 30 mM MgAcetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2HEPES11
3AmFormate11
4MgAcetate11
5H2O11
6PEG 40012
7HEPES12
8AmFormate12
9MgAcetate12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月6日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 14887 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 1042 / % possible all: 65.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 13.497 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27427 1430 10.1 %RANDOM
Rwork0.21849 ---
obs0.22398 12698 94.1 %-
all-14887 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.41 Å20 Å2-0.19 Å2
2---3.66 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 773 0 49 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5582.5012632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3255114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.56320.58851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.40915256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6471524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.3638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.51133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.5122
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3270.333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2660.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.671.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5052936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.06631645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7054.51696
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A468medium positional0.570.5
2X366medium positional0.120.5
1A468medium thermal0.722
2X366medium thermal0.852
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 88 -
Rwork0.322 718 -
obs--72.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76030.6228-2.17271.8673-4.984817.8323-0.0592-0.0305-0.07920.0816-0.0953-0.05-0.07590.20070.1545-0.07920.04590.01230.0066-0.0238-0.08315.27791.071533.276
20.52480.55192.04671.60924.309516.7875-0.1182-0.02350.10410.0326-0.12720.05360.0164-0.11340.2454-0.10140.0479-0.01770.04310.0141-0.10615.8878-1.962633.2763
30.5740.78870.21744.08510.05280.52680.11790.07160.0029-0.112-0.08830.1916-0.0629-0.0156-0.0296-0.04540.04480.0115-0.0746-0.0026-0.05189.99840.21696.101
40.74120.7886-0.15923.97590.00150.32760.09620.0548-0.01-0.1411-0.0577-0.21910.08320.0004-0.0385-0.02720.0401-0.02-0.08730.0137-0.070211.1178-1.03256.1075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 581 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2BD1 - 581 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3XA201 - 2191 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4YB201 - 2191 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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