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万見
- PDB-2h7b: Solution structure of the eTAFH domain from the human leukemia-as... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h7b
タイトルSolution structure of the eTAFH domain from the human leukemia-associated fusion protein AML1-ETO
要素Core-binding factor, ML1-ETO
キーワードTRANSCRIPTION / 4 HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of fat cell differentiation / nuclear matrix / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / calcium ion binding / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TAFH/NHR1 domain / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 ...TAFH/NHR1 domain / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / EF hand / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein CBFA2T1 / Calmodulin, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Plevin, M.J. / Zhang, J. / Guo, C. / Roeder, R.G. / Ikura, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: The acute myeloid leukemia fusion protein AML1-ETO targets E proteins via a paired amphipathic helix-like TBP-associated factor homology domain
著者: Plevin, M.J. / Zhang, J. / Guo, C. / Roeder, R.G. / Ikura, M.
履歴
登録2006年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core-binding factor, ML1-ETO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8881
ポリマ－11,8881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Core-binding factor, ML1-ETO / runt domain / alpha subunit 2 / translocated to 1 / cyclin D-related


分子量: 11887.721 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 83-185, / 変異: C169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETO / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q7Z4J5, UniProt: Q06455*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
1214D 13C/15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This entry is the solution conformation of eTAFH bound to 17 residue AD1 peptide from human HEB. Structure of the bound AD1 peptide was not determined due to chemical exchange broadening of ...Text: This entry is the solution conformation of eTAFH bound to 17 residue AD1 peptide from human HEB. Structure of the bound AD1 peptide was not determined due to chemical exchange broadening of resonances from this molecule

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM eTAFH U-15N, 13C, 20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 50 mM NaCl, 1mM PMSF, 1mM AEBSF, 0.25 mM sodium azide, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 70 mM / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 25 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGUNTERT, P. ET AL.精密化
CYANAGUNTERT, P. ET AL.構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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