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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h6h | |||||||||
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タイトル | Y365F Protein Farnesyltransferase Mutant Complexed with a Farnesylated DDPTASACVLS Peptide Product at 1.8A | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / FTase / farnesyltransferase / farnesyl transferase / prenyltransferase / CaaX / Ras / lipid modification / prenylation / substrate selectivity | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of deacetylase activity / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity ...positive regulation of deacetylase activity / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesylation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / microtubule associated complex / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lipid metabolic process / receptor tyrosine kinase binding / RAS processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / microtubule binding / Potential therapeutics for SARS / molecular adaptor activity / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Terry, K.L. / Beese, L.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Conversion of protein farnesyltransferase to a geranylgeranyltransferase. 著者: Terry, K.L. / Casey, P.J. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44864.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P49354, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48806.406 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y365F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 P
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1078.152 Da / 分子数: 1 Fragment: residues 173-180 of Rap2a, residues187-189 of H-Ras Mutation: C176T, C177A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized |
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#4: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose |
-非ポリマー , 4種, 711分子 ![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FAR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FAR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-ACY / |
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#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#7: 化合物 | ChemComp-FAR / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 14% PEG 8000, 200 mM ammonium acetate pH 5.2, 20 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月28日 / 詳細: platinum-coated 1:1 focusing toroidal mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.067401 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 109035 / Num. obs: 109005 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 25.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 10850 / Rsym value: 0.516 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JCQ 解像度: 1.8→49.59 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007
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