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- PDB-2h63: Crystal Structure of Human Biliverdin Reductase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h63
タイトルCrystal Structure of Human Biliverdin Reductase A
要素Biliverdin reductase A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Biliverdin reductase / BLVRA / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


biliverdin reductase / biliverdin reductase [NAD(P)+] activity / : / heme catabolic process / Heme degradation / zinc ion binding / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Biliverdin reductase, catalytic / Biliverdin reductase A / Biliverdin reductase, catalytic / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Biliverdin reductase, catalytic / Biliverdin reductase A / Biliverdin reductase, catalytic / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Biliverdin reductase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kavanagh, K. / Elkins, J. / Ugochukwu, E. / Guo, K. / Pilka, E. / Lukacik, P. / Smee, C. / Papagrigoriou, E. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. ...Kavanagh, K. / Elkins, J. / Ugochukwu, E. / Guo, K. / Pilka, E. / Lukacik, P. / Smee, C. / Papagrigoriou, E. / Bunkoczi, G. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Biliverdin Reductase A
著者: Kavanagh, K. / Elkins, J. / Ugochukwu, E. / Guo, K. / Pilka, E. / Lukacik, P. / Smee, C. / Papagrigoriou, E. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct
Item: _software.classification / _software.name / _struct.title
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biliverdin reductase A
B: Biliverdin reductase A
C: Biliverdin reductase A
D: Biliverdin reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,0548
ポリマ－132,0804
非ポリマー2,9744
水41423
1
A: Biliverdin reductase A
C: Biliverdin reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5274
ポリマ－66,0402
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
2
B: Biliverdin reductase A
D: Biliverdin reductase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5274
ポリマ－66,0402
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.787, 92.747, 147.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1METMETAA6 - 2902 - 286
2ARGARGBB7 - 2903 - 286
3ARGARGCC7 - 2903 - 286
4METMETDD6 - 2902 - 286

-
要素

#1: タンパク質
Biliverdin reductase A / Biliverdin-IX alpha-reductase / BVR A


分子量: 33020.035 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 7-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLVRA / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P53004, biliverdin reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MgCl2, Bis-Tris, PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.3 Å / Num. obs: 33769 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LC0.pdb

1lc0


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 36.009 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28691 1399 4.1 %RANDOM
Rwork0.23735 ---
all0.23943 32324 --
obs0.23943 32324 96.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--3.73 Å20 Å2
3----3.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8453 0 192 23 8668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.99611965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9543.00214087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66451123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.48623.628328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.771151423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4911544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.25737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.24231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.24865
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1850.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4381.55738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1211.52310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77328853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26533493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0444.53112
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1638tight positional0.040.05
2B1638tight positional0.040.05
3C1638tight positional0.040.05
4D1638tight positional0.050.05
1A1695medium positional0.230.5
2B1695medium positional0.250.5
3C1695medium positional0.270.5
4D1695medium positional0.250.5
1A1638tight thermal0.080.5
2B1638tight thermal0.070.5
3C1638tight thermal0.070.5
4D1638tight thermal0.080.5
1A1695medium thermal0.462
2B1695medium thermal0.412
3C1695medium thermal0.412
4D1695medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.497 96 -
Rwork0.459 2209 -
obs--90.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0297-1.7986-1.10014.53720.71135.88120.02180.50210.2853-0.4298-0.1036-0.2183-0.2350.03410.0817-0.4384-0.0741-0.0214-0.18420.0943-0.268917.0599.789-19.8899
22.1938-0.7641-0.70766.45030.24116.2777-0.21580.3095-0.5018-0.1308-0.12660.22441.5895-0.37150.3424-0.0221-0.00020.0866-0.1767-0.0889-0.112616.2307-13.5941-15.5491
36.1872-1.035-0.61851.93070.01663.45540.1841-0.8433-0.25580.15050.0606-0.05280.27490.4226-0.2447-0.2752-0.0081-0.198-0.0280.0323-0.1774-17.4004-7.2286-16.9517
45.63660.3584-1.85720.7792-0.37847.46080.1474-0.1208-0.40730.06920.04980.2460.9225-1.0441-0.1971-0.1864-0.0962-0.1455-0.11310.1371-0.0498-40.7713-10.0236-21.4732
54.05581.3496-0.08685.1327-1.16455.0272-0.2905-0.4860.13421.52580.29870.0217-0.68-0.6595-0.00810.30.26820.0545-0.1453-0.0505-0.272626.96793.0317-55.2444
61.7312-0.70650.18274.6812-0.70648.2242-0.1698-0.3841-0.69340.8760.0493-0.10731.2666-0.06450.12050.1845-0.03570.1782-0.1220.1848-0.07927.4762-20.2192-60.0491
73.34830.52091.06023.795-0.6735.14740.14460.3065-0.3398-0.48430.07130.1490.23420.3984-0.2158-0.19670.0049-0.1939-0.2839-0.1245-0.279-30.9877-4.339-55.3043
84.32511.00880.44881.2394-0.5617.0076-0.02160.6458-0.4915-0.29480.0136-0.37640.27471.68810.008-0.2006-0.0118-0.04230.3847-0.16-0.1466-8.0597-1.7067-50.5508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1202 - 116
2X-RAY DIFFRACTION1AA245 - 290241 - 286
3X-RAY DIFFRACTION2AA121 - 244117 - 240
4X-RAY DIFFRACTION3BB7 - 1203 - 116
5X-RAY DIFFRACTION3BB245 - 290241 - 286
6X-RAY DIFFRACTION4BB121 - 244117 - 240
7X-RAY DIFFRACTION5CC7 - 1203 - 116
8X-RAY DIFFRACTION5CC245 - 290241 - 286
9X-RAY DIFFRACTION6CC121 - 244117 - 240
10X-RAY DIFFRACTION7DD6 - 1202 - 116
11X-RAY DIFFRACTION7DD245 - 290241 - 286
12X-RAY DIFFRACTION8DD121 - 244117 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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