PDB-2h5f: Denmotoxin: A the three-finger toxin from colubrid snake Boiga de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h5f

タイトル

Denmotoxin: A the three-finger toxin from colubrid snake Boiga dendrophila with bird-specific activity

要素

denmotoxin

キーワード

TOXIN / three-finger toxin / neurotoxin / snake venom

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Boiga dendrophila (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pawlak, J. / Kini, R.M. / Stura, E.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Denmotoxin, a three-finger toxin from the colubrid snake Boiga dendrophila (Mangrove Catsnake) with bird-specific activity.
著者: Pawlak, J. / Mackessy, S.P. / Fry, B.G. / Bhatia, M. / Mourier, G. / Fruchart-Gaillard, C. / Servent, D. / Menez, R. / Stura, E. / Menez, A. / Kini, R.M.

履歴

登録	2006年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h5f.cif.gz	46.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h5f.ent.gz	36.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h5f_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h5f_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	2h5f_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	2h5f_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/2h5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/2h5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6tkt-d 4hwj-d 2ked-d 4hw5-1 2npr-d 1uxd-d 1oxq-3 4hw5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (2) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

A: denmotoxin

B: denmotoxin

ヘテロ分子

17.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: denmotoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: denmotoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.910, 34.038, 54.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.36, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	denmotoxin 分子量: 8547.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Boiga dendrophila (ヘビ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P83490, UniProt: Q06ZW0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 1.2M Na, KPO4, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.006768 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.006768 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→52 Å / Num. obs: 50240 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→47.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 4.221 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2384	584	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20188	-	-	-
obs	0.20373	11487	94.19 %	-
all	-	12080	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.878 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.31 Å²	0 Å²	0.43 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1135	0	24	284	1443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.032	0.021	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.021	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.088	1.96	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.036	3	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.561	5	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.363	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.311	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	661
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.299	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.329	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.263	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.079	1.5	737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.727	2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.235	3	452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.098	4.5	431

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.353	42
R_work	0.238	872

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