PDB-2h4r: Crystal structure of wildtype MENT in the native conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h4r

タイトル

Crystal structure of wildtype MENT in the native conformation

要素

Heterochromatin-associated protein MENT

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease inhibitor / Serpin

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleate erythrocyte maturation / chromosome condensation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / chromatin DNA binding / chromatin organization / chromatin / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Irving, J.A. / Whisstock, J.C. / Buckle, A.M. / McGowan, S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structure of MENT: evidence for functional loop-sheet polymers in chromatin condensation.
著者: McGowan, S. / Buckle, A.M. / Irving, J.A. / Ong, P.C. / Bashtannyk-Puhalovich, T.A. / Kan, W.T. / Henderson, K.N. / Bulynko, Y.A. / Popova, E.Y. / Smith, A.I. / Bottomley, S.P. / Rossjohn, J. ...

履歴

登録	2006年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h4r.cif.gz	92.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h4r.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h4r_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h4r_full_validation.pdf.gz	435 KB	表示
XML形式データ	2h4r_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	2h4r_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dutC 2h4pC 2h4qC 2h4s PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q03-2 4rsq-2 3hhc-1 4roa-d 1xu8-1 4if8-1 4r9i-d 1tlo-d 1j39-d 7ahp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Heterochromatin-associated protein MENT

48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.203, 74.022, 57.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heterochromatin-associated protein MENT / MENT 分子量: 48029.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ment-1 / プラスミド: PET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O73790
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Heterochromatin-associated protein MENT / MENT

分子量: 48029.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ment-1 / プラスミド: PET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O73790

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.63 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG-4000, 0.1M sodium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 10420 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.185 / Χ²: 1.176 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H4S

2h4s
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.7→18.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.828 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 27.441 / SU ML: 0.371 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	501	4.8 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	0.209	-	-	-
obs	-	10379	97.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1.3 Å / 減衰半径: 1.3 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.06 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→18.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3026	0	0	111	3137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	1.963	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.1	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.264	24.113	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.722	15	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.849	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.276	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.987	3	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.786	5	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.442	7	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.663	9	1143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.769	0.384	49	0.266	680	774	94.186
2.769-2.843	0.304	37	0.278	690	754	96.419
2.843-2.924	0.396	33	0.272	674	731	96.717
2.924-3.011	0.442	38	0.262	639	705	96.028
3.011-3.107	0.38	27	0.261	652	698	97.278
3.107-3.213	0.319	36	0.264	605	667	96.102
3.213-3.331	0.247	27	0.241	606	645	98.14
3.331-3.463	0.26	28	0.183	567	615	96.748
3.463-3.611	0.246	26	0.175	565	610	96.885
3.611-3.78	0.229	20	0.191	535	565	98.23
3.78-3.976	0.231	24	0.202	511	548	97.628
3.976-4.206	0.273	24	0.192	480	516	97.674
4.206-4.48	0.216	20	0.139	455	485	97.938
4.48-4.817	0.234	21	0.136	442	470	98.511
4.817-5.243	0.211	22	0.133	395	422	98.815
5.243-5.807	0.278	16	0.182	376	397	98.741
5.807-6.603	0.306	22	0.221	319	343	99.417
6.603-7.852	0.316	13	0.208	294	308	99.675
7.852-10.259	0.235	11	0.209	223	238	98.319
10.259-18.959	0.167	7	0.209	170	178	99.438

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2144	0.1219	-0.6285	1.1981	-0.5488	3.1106	0.0028	0.0599	0.0179	-0.0365	-0.0316	-0.1126	-0.0612	0.2163	0.0288	-0.2065	0.0424	-0.0315	-0.237	-0.0032	-0.1643	19.106	7.344	9.246
2	0.8489	-0.6331	0.0352	2.1805	-0.5129	4.5467	-0.1238	-0.039	-0.2473	0.2372	0.0524	0.303	0.5634	-0.4092	0.0714	-0.2097	-0.0328	0.0535	-0.1672	-0.0022	-0.1609	6.412	-7.441	27.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	92 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	278 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	311 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 44
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	378 - 410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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