PDB-2h3s: cis-Azobenzene-avian pancreatic polypeptide bound to DPC micelles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h3s

タイトル

cis-Azobenzene-avian pancreatic polypeptide bound to DPC micelles

要素

(Pancreatic hormone) x 2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / PP folding / photoswitch

機能・相同性

機能・相同性情報

neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide hormone activity / feeding behavior / neuropeptide signaling pathway / extracellular space
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Jurt, S. / Aemissegger, A. / Guentert, P. / Zerbe, O. / Hilvert, D.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: A Photoswitchable Miniprotein Based on the Sequence of Avian Pancreatic Polypeptide
著者: Jurt, S. / Aemissegger, A. / Guentert, P. / Zerbe, O. / Hilvert, D.

履歴

登録	2006年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h3s.cif.gz	230.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h3s.ent.gz	191.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h3s_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h3s_full_validation.pdf.gz	566.7 KB	表示
XML形式データ	2h3s_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	2h3s_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/2h3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h3tC 2h4bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cyu-d 1xbl-d 2rpa-d 1i11-d 2ytb-d 2ec7-d 4h4n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (6) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Pancreatic hormone

B: Pancreatic hormone

ヘテロ分子

4.23 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Pancreatic hormone / Pancreatic polypeptide / aPP 分子量: 902.948 Da / 分子数: 1 / 断片: Pancreatic hormone, residues 1-9 / 由来タイプ: 合成詳細: synthesized by solid-phase peptide synthesis, homologous to avian pancreatic polypeptide; residues 10-12 of aPP are replaced by 4-aminomethyl-phenylazobenzoic acid. 参照: UniProt: P68249
#2: タンパク質・ペプチド	Pancreatic hormone / Pancreatic polypeptide / aPP 分子量: 3054.441 Da / 分子数: 1 / 断片: Pancreatic hormone, residues 11-34 / 由来タイプ: 合成詳細: synthesized by solid-phase peptide synthesis, homologous to avian pancreatic polypeptide 参照: UniProt: P68249
#3: 化合物	ChemComp-ZAB / (3-{(Z)-[3-(AMINOMETHYL)PHENYL]DIAZENYL}PHENYL)ACETIC ACID 分子量: 269.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₅N₃O₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	2D TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM cis-Azo-aPP; 300mM DPC; 50mM MES buffer(pH 6.0); 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.2.2	Guentert, P. et al.	精密化
CYANA	2.2.2	Guentert, P. et al.	構造決定

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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