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万見
- PDB-2h3e: Structure of wild-type E. coli Aspartate Transcarbamoylase in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h3e
タイトルStructure of wild-type E. coli Aspartate Transcarbamoylase in the presence of N-phosphonacetyl-L-isoasparagine at 2.3A resolution
要素
  • Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
  • Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
キーワードTRANSFERASE / cooperativity
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding ...aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PR / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eldo, J. / Cardia, J.P. / O'Day, E.M. / Xia, J. / Tsuruta, H. / Kantrowitz, E.R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: N-Phosphonacetyl-l-isoasparagine a Potent and Specific Inhibitor of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase.
著者: Eldo, J. / Cardia, J.P. / O'day, E.M. / Xia, J. / Tsuruta, H. / Kantrowitz, E.R.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6018
ポリマ－102,9614
非ポリマー6394
水8,593477
1
A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,80224
ポリマ－308,88412
非ポリマー1,91712
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area31580 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area99710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.320, 120.320, 154.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase catalytic chain / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrB / プラスミド: pEK152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1104 / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain


分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrI / プラスミド: pEK152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1104 / 参照: UniProt: P0A7F3
#3: 化合物 ChemComp-6PR / (S)-4-AMINO-4-OXO-3-(2-PHOSPHONOACETAMIDO)BUTANOIC ACID / (PHOSPHONOACETYL)-L-ALPHA-ASPARAGINE


分子量: 254.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11N2O7P
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.7
詳細: 50 mM Maleic acid, 3 mM sodium azide, 1 mM N-phosphonacetyl-L-isoasparagine, pH 5.7, MICRODIALYSIS, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.41 Å / Num. all: 57958 / Num. obs: 57850 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.53 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 12.1 / Scaling rejects: 2906
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 7.52 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. measured all: 38356 / Num. unique all: 5054 / Χ2: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1Lデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D09

1d09


解像度: 2.3→28.41 Å / FOM work R set: 0.837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 5876 10.1 %Random
Rwork0.206 ---
all0.206 57850 --
obs0.206 51061 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 38.026 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 42.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.673 Å2-5.638 Å20 Å2
2---1.673 Å20 Å2
3---3.347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7098 0 34 477 7609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.307
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8432
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7332.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.3-2.320.3991200.3510491169
2.32-2.330.4251140.3549871101
2.33-2.350.3251020.33910421144
2.35-2.360.371220.33510281150
2.36-2.380.3771260.3310051131
2.38-2.40.3381280.30110181146
2.4-2.420.3251110.28410571168
2.42-2.440.3111130.30510091122
2.44-2.460.3381200.29710541174
2.46-2.480.3111120.2610071119
2.48-2.50.3231230.28110221145
2.5-2.520.3321100.2810251135
2.52-2.540.2931170.25710541171
2.54-2.570.2771200.26210261146
2.57-2.590.3321090.26510131122
2.59-2.620.2661370.24510351172
2.62-2.640.351230.25610081131
2.64-2.670.2941210.2410191140
2.67-2.70.291210.24410271148
2.7-2.730.2821150.24810441159
2.73-2.760.2861130.24110391152
2.76-2.790.2941120.2310311143
2.79-2.820.3061120.24310341146
2.82-2.860.2431260.21510411167
2.86-2.90.2911130.24510091122
2.9-2.940.2761300.22810411171
2.94-2.980.2961130.23310331146
2.98-3.020.2831060.22110491155
3.02-3.070.2571130.20510401153
3.07-3.120.2961090.22510231132
3.12-3.170.2691360.20710411177
3.17-3.230.2541100.20210201130
3.23-3.290.2721150.20710521167
3.29-3.360.2051070.17510571164
3.36-3.430.2381160.18510551171
3.43-3.510.2131080.18210311139
3.51-3.60.2011200.16810571177
3.6-3.70.2071320.16710171149
3.7-3.810.2111160.18210391155
3.81-3.930.2261080.17110711179
3.93-4.070.2071300.17510351165
4.07-4.230.219960.15910521148
4.23-4.430.2241210.1710651186
4.43-4.660.219990.15510791178
4.66-4.950.1751130.15210521165
4.95-5.330.2031220.15910701192
5.33-5.860.2641260.18610591185
5.86-6.70.2451170.19310831200
6.7-8.410.2221350.18410801215
8.41-300.1571380.14610901228
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2atcase_cns.paramatcase_cns.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5amide.paramamide.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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