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- PDB-2h36: Structure of ORF14 from Sulfolobus Islandicus Filamentous Virus (SIFV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h36
タイトルStructure of ORF14 from Sulfolobus Islandicus Filamentous Virus (SIFV)
要素Hypothetical protein SIFV0014
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Archaea / Virus
機能・相同性Double Stranded RNA Binding Domain - #300 / Sulfolobus islandicus filamentous virus, Orf14 / Protein of unknown function (DUF1374) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 14
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Goulet, A. / Spinelli, S. / Cambillau, C.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of ORF14 from Sulfolobus islandicus filamentous virus
著者: Goulet, A. / Spinelli, S. / Blangy, S. / van Tilbeurgh, H. / Leulliot, N. / Basta, T. / Prangishvili, D. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of protein 14 from Sulfolobus islandicus filamentous virus (SIFV)
著者: Goulet, A. / Spinelli, S. / Campanacci, V. / Porciero, S. / Blangy, S. / Garrett, R.A. / van Tilbeurgh, H. / Leulliot, N. / Basta, T. / Prangishvili, D. / Cambillau, C.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Hypothetical protein SIFV0014


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4811
ポリマ－13,4811
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.099, 68.099, 132.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein SIFV0014 / ORF14


分子量: 13480.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus filamentous virus (ウイルス)
属: Betalipothrixvirus / 遺伝子: ORF 14 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q914L6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 18-26% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.5M MgCl2, 33mM HEPES, 0.2M imidazole malate pH 5.2-5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月4日
放射モノクロメーター: 2 mirrors, onemonochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→23 Å / Num. obs: 4170 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 53.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 75
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 55 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 17 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→22.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 37.162 / SU ML: 0.331 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.336 / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29442 406 9.8 %RANDOM
Rwork0.22711 ---
obs0.23353 3740 98.74 %-
all-4170 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.377 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.14 Å22.57 Å20 Å2
2--5.14 Å20 Å2
3----7.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→22.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数918 0 0 5 923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4281.9641261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9845107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.23126.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.72315179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.07153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.41.5554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7162873
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8633441
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4514.5388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.952→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 30 -
Rwork0.377 257 -
obs--98.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.71390.4815-1.50239.4201-0.4666.2145-0.1974-0.4937-0.00890.21810.2607-0.2675-0.25370.0258-0.0633-0.0086-0.0995-0.11220.34350.11020.237916.9845.95455.239
227.85424.286117.05786.75891.146714.79890.7979-1.56920.83851.0002-1.1119-0.08190.023-0.28340.3140.5413-0.08840.0510.3934-0.04091.057147.97410.71249.665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1XA17 - 10918 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2XA2 - 163 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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