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万見
- PDB-2h2i: The Structural basis of Sirtuin Substrate Affinity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h2i
タイトルThe Structural basis of Sirtuin Substrate Affinity
要素NAD-dependent deacetylase
キーワードHYDROLASE / Sir2Tm-PPG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K4 deacetylase activity, NAD-dependent / histone deacetylase activity, NAD-dependent / NAD+ binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class U / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class U / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZPG / NAD-dependent protein deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cosgrove, M.S. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The structural basis of sirtuin substrate affinity
著者: Cosgrove, M.S. / Bever, K. / Avalos, J.L. / Muhammad, S. / Zhang, X. / Wolberger, C.
履歴
登録2006年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月27日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0603
ポリマ－27,5701
非ポリマー4902
水3,747208
1
A: NAD-dependent deacetylase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,47824
ポリマ－220,5588
非ポリマー3,92016
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.107, 133.107, 133.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1119-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent deacetylase / Regulatory protein SIR2 homolog


分子量: 27569.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: npdA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYW0, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ZPG / (2S,5R,8R,11S,14S,17S,21R)-5,8,11,14,17-PENTAMETHYL-4,7,10,13,16,19-HEXAOXADOCOSANE-2,21-DIOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5M (NH4)2SO4, 4% PPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 37913 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1ICI

1ici


解像度: 1.8→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.835 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21253 1889 5 %RANDOM
Rwork0.18633 ---
all0.03 3 --
obs0.18767 35987 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 0 30 208 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222002
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.9942704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9134402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8975243
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2450.22194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.350.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2550.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.091.51219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99221983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2773783
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3024.5721
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 136
Rwork0.239 2611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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