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- PDB-2h27: Crystal Structure of Escherichia coli SigmaE Region 4 Bound to it... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h27
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli SigmaE Region 4 Bound to its-35 Element DNA
要素
  • 5'-D(*C*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*G)-3'
  • RNA polymerase Sigma E factor
キーワードtransferase/DNA / Protein-DNA Complex / Helix-Turn-Helix / Double Helix / transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / response to osmotic stress / response to temperature stimulus / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / negative regulation of DNA-templated transcription ...sigma factor antagonist complex / response to osmotic stress / response to temperature stimulus / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 ...RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ECF RNA polymerase sigma-E factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lane, W.J. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2006
タイトル: The structural basis for promoter -35 element recognition by the group IV sigma factors.
著者: Lane, W.J. / Darst, S.A.
履歴
登録2006年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software
Item: _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 ..._pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*C*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*C*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*G)-3'
A: RNA polymerase Sigma E factor
D: RNA polymerase Sigma E factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5697
ポリマ－31,4516
非ポリマー1181
水2,450136
1
B: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*C*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*G)-3'
A: RNA polymerase Sigma E factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7263
ポリマ－15,7263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*C*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*G)-3'
D: RNA polymerase Sigma E factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8444
ポリマ－15,7263
非ポリマー1181
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.009, 68.709, 61.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains two biological units. Each biological unit contains one protein part consisting of SigmaE Region 4 and one DNA part consisting of double-stranded DNA.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*CP*G)-3' / Sigma-24


分子量: 3623.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HPLC Purified
#2: DNA鎖 5'-D(*C*CP*GP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HPLC Purified
#3: タンパク質 RNA polymerase Sigma E factor


分子量: 8438.787 Da / 分子数: 2 / Fragment: Region 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: rpoE / プラスミド: pWJL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0AGB6
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 5% v/v MPD, 0.04M magnesium chloride, 0.05M sodium-cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 6.00
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2magnesium chloride11
3sodium-cacodylate11
4H2O11
5MPD12
6magnesium chloride12
7sodium-cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.00004
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 19011 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 96.1

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.576 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.487
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.99 Å
Translation3 Å19.99 Å
Phasing dm shell解像度: 2.3→20 Å / Delta phi final: 0.205 / FOM : 0.224 / 反射: 18308

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1801 9 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs0.241 18308 91.8 %-
all-19943 --
溶媒の処理Bsol: 37.75 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 38.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.27 Å20 Å27.154 Å2
2---8.411 Å20 Å2
3---11.681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1130 928 0 144 2202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.3582 206
Rwork0.3306 1832
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:MPD.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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