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- PDB-1xok: crystal structure of alfalfa mosaic virus RNA 3'UTR in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xok
タイトルcrystal structure of alfalfa mosaic virus RNA 3'UTR in complex with coat protein N terminal peptide
要素
  • (alfalfa mosaic virus RNA 3' UTR) x 2
  • Coat protein
キーワードViral protein/RNA / protein-rna complex / alpha helix / atypical rna duplex / Viral protein-RNA COMPLEX
機能・相同性T=3 icosahedral viral capsid / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding / BROMIDE ION / RNA / RNA (> 10) / Capsid protein
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guogas, L.M. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. / Gehrke, L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Cofolding organizes alfalfa mosaic virus RNA and coat protein for replication.
著者: Guogas, L.M. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. / Gehrke, L.
履歴
登録2004年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alfalfa mosaic virus RNA 3' UTR
B: alfalfa mosaic virus RNA 3' UTR
C: Coat protein
D: Coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0615
ポリマ－17,9814
非ポリマー801
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.1, 123.0, 53.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: RNA鎖 alfalfa mosaic virus RNA 3' UTR


分子量: 9533.723 Da / 分子数: 1 / 断片: amv rna bases 843-872 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: rna synthesis dharmacon research
#2: RNA鎖 alfalfa mosaic virus RNA 3' UTR


分子量: 2934.831 Da / 分子数: 1 / 断片: amv rna bases 873-881 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: rna synthesis dharmacon research
#3: タンパク質・ペプチド Coat protein


分子量: 2756.170 Da / 分子数: 2 / 断片: amv coat protein residues 1-26 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis by mit biopolymers laboratory / 参照: UniProt: P24264
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.45M ammonium sulfate, 0.01M magnesium acetate, 0.01M mes, 0.001M samarium chloride, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.91942, 0.91997, 0.92181
シンクロトロンAPS 19-ID20.91942
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2003年8月10日
CUSTOM-MADE2CCD2003年8月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1monochromatorMADMx-ray1
2monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.919421
20.919971
30.921811
反射解像度: 3→99 Å / Num. all: 3508 / Num. obs: 3487 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 3→3.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 18.921 / SU ML: 0.332 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.001 / ESU R Free: 0.467
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26888 326 9.2 %RANDOM
Rwork0.249 ---
all0.251 3237 --
obs0.251 3236 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.42 Å20 Å20 Å2
2--6.93 Å20 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数244 765 1 7 1017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1182.7971647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.027531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02561
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3070.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8492164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7614250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3924934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.22961397
LS精密化 シェル最高解像度: 3 Å / Num. reflection Rwork: 453 / Total num. of bins used: 10
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.6597 Å / Origin y: 13.0441 Å / Origin z: 22.9456 Å
111213212223313233
T0.1429 Å20.008 Å2-0.0732 Å2-0.0288 Å20.0016 Å2--0.4331 Å2
L7.6947 °21.2288 °21.256 °2-2.0249 °2-2.526 °2--17.2649 °2
S0.089 Å °0.3297 Å °0.7699 Å °0.2161 Å °0.3884 Å °-0.0349 Å °-0.0891 Å °-0.1665 Å °-0.4775 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D27 - 28
2X-RAY DIFFRACTION1B8
3X-RAY DIFFRACTION1A2 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1A1
5X-RAY DIFFRACTION1D9 - 26
6X-RAY DIFFRACTION1B873 - 881
7X-RAY DIFFRACTION1C12 - 26
8X-RAY DIFFRACTION1A843 - 872

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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