PDB-2h1s: Crystal Structure of a Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h1s

タイトル

Crystal Structure of a Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase from Homo sapiens

要素

Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Q9UBQ7 / Glyoxylate reductase / hydroxypyruvate reductase / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

dicarboxylic acid metabolic process / hydroxypyruvate reductase (NADPH) activity / hydroxypyruvate reductase / glyoxylate reductase (NADP+) / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / glyoxylate metabolic process / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / carboxylic acid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Glyoxylate/Hydroxypyruvate reductase from Homo sapiens
著者: Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

履歴

登録	2006年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2h1s.ent.gz	207.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2h1s_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h1s_full_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示
XML形式データ	2h1s_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	2h1s_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/2h1s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1gdhS 1wwkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gcg-2 5tx7-d 1gdh-d 4xa8-1 2wwr-2 2cuk-1 1wwk-d 3wwz-d 4e5n-1 2wwr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.37540

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

B: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

C: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

D: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

144 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

B: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

D: Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.996, 66.436, 148.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	D
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	6 - 326	6 - 326
2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	2	B	B	6 - 326	6 - 326
3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	2	D	D	6 - 326	6 - 326
1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	2	A	A	105 - 326	105 - 326
2	2	ASP	ASP	LEU	LEU	2	C	C	105 - 326	105 - 326
1	3	LEU	LEU	PRO	PRO	4	A	A	6 - 104	6 - 104
2	3	LEU	LEU	PRO	PRO	4	C	C	6 - 104	6 - 104

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

The biological unit is a dimer with two biological units in the asymmetric unit (biological unit 1, chains A & B) and (biological unit 2, chains C & D)

#1: タンパク質	Glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase 分子量: 35901.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRHPR, GLXR / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9UBQ7, glyoxylate reductase (NADP+)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (12% PEG 3350, 0.10 M MOPS PH 7). Crystal was cryo- ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (12% PEG 3350, 0.10 M MOPS PH 7). Crystal was cryo-protected with 15% PEG 3350, 0.10 M PIPES PH 6.5 and a final concentration of 25% Ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.41 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 MES PH 6.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (12% PEG 3350, 0.10 M MOPS PH 7). Crystal was cryo- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97928 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→49.326 Å / Num. obs: 50144 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.157 / Χ²: 1.34 / Net I/σ(I): 7.087

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.45-2.51	4.8	0.504	2.261	2832	1.079	80.3
2.51-2.57	5.1	0.466		3032	1.059	85.4
2.57-2.64	5.3	0.424		3137	1.108	88.4
2.64-2.72	5.8	0.411		3245	1.111	90
2.72-2.8	6.1	0.371		3239	1.202	91.8
2.8-2.9	6.3	0.32		3322	1.284	93.3
2.9-3.02	6.4	0.281		3324	1.429	92.9
3.02-3.16	6.5	0.236		3339	1.516	93.1
3.16-3.33	6.5	0.203		3355	1.614	93.8
3.33-3.53	6.5	0.166		3375	1.435	95
3.53-3.81	6.4	0.14		3445	1.476	96.2
3.81-4.19	6.4	0.124		3551	1.406	98.5
4.19-4.8	6.6	0.105		3601	1.381	99.8
4.8-6.04	7.1	0.108		3632	1.344	100
6.04-80	7.2	0.098		3715	1.333	99.6

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	49.3 Å
Translation	2.5 Å	49.3 Å

Phasing dm

FOM : 0.65 / FOM acentric: 0.66 / FOM centric: 0.61 / 反射: 50129 / Reflection acentric: 47470 / Reflection centric: 2659

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7-49.302	0.88	0.89	0.78	2416	2069	347
4.4-7	0.85	0.86	0.74	7208	6654	554
3.5-4.4	0.86	0.87	0.75	8835	8360	475
3.1-3.5	0.75	0.75	0.68	8513	8117	396
2.6-3.1	0.51	0.52	0.4	14806	14203	603
2.5-2.6	0.36	0.36	0.26	8351	8067	284

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GDH, 1WWK as a basis of 2-member ensemble

1gdh

1wwk

解像度: 2.45→49.326 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / WR_factor R_free: 0.263 / WR_factor R_work: 0.207 / SU B: 17.788 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.655 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2643	2551	5.089 %	RANDOM
R_work	0.2072	-	-	-
all	0.21	-	-	-
obs	-	50129	93.114 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.853 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	0 Å²	-1.165 Å²
2-	-	-0.427 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.769 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.326 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9768	0	0	450	10218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.59	1.981	13512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.344	5	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.26	23.7	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.416	15	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.585	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	4598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	6788
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.255	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.951	2	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.682	4	10288
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.723	6	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.649	10	3224

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1284	tight positional	0.05	0.05
1	1	A	1158	medium positional	0.465	0.5
1	1	A	1284	tight thermal	0.134	0.5
1	1	A	1158	medium thermal	1.015	2
1	2	B	1284	tight positional	0.073	0.05
1	2	B	1158	medium positional	0.607	0.5
1	2	B	1284	tight thermal	0.144	0.5
1	2	B	1158	medium thermal	1.185	2
1	3	D	1284	tight positional	0.071	0.05
1	3	D	1158	medium positional	0.541	0.5
1	3	D	1284	tight thermal	0.136	0.5
1	3	D	1158	medium thermal	1.048	2
2	1	A	888	tight positional	0.065	0.05
2	1	A	801	medium positional	0.359	0.5
2	1	A	888	tight thermal	0.177	0.5
2	1	A	801	medium thermal	1.145	2
3	1	A	753	medium positional	0.351	0.5
3	1	A	753	medium thermal	0.858	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.521	0.318	169	0.223	2928	0.228	3943	78.544
2.521-2.59	0.307	148	0.239	3161	0.242	3860	85.725
2.59-2.665	0.286	174	0.231	3175	0.234	3756	89.164
2.665-2.747	0.294	158	0.233	3115	0.236	3595	91.043
2.747-2.838	0.319	164	0.214	3091	0.22	3530	92.21
2.838-2.937	0.274	164	0.197	3032	0.201	3429	93.205
2.937-3.048	0.27	166	0.212	2905	0.215	3322	92.444
3.048-3.172	0.299	155	0.215	2815	0.219	3182	93.338
3.172-3.313	0.273	145	0.199	2712	0.203	3051	93.641
3.313-3.475	0.281	171	0.204	2610	0.209	2940	94.592
3.475-3.663	0.23	150	0.198	2462	0.2	2734	95.538
3.663-3.885	0.251	113	0.188	2458	0.191	2650	97.019
3.885-4.153	0.245	125	0.193	2327	0.196	2487	98.593
4.153-4.485	0.226	97	0.182	2200	0.184	2304	99.696
4.485-4.913	0.214	113	0.179	2007	0.181	2120	100
4.913-5.492	0.253	94	0.205	1853	0.207	1947	100
5.492-6.34	0.279	77	0.233	1645	0.236	1722	100
6.34-7.762	0.284	70	0.24	1385	0.242	1455	100
7.762-10.961	0.221	58	0.213	1097	0.214	1155	100
10.961-147.442	0.318	40	0.274	600	0.276	654	97.859

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3378	-0.0196	-0.2944	3.1171	-0.5357	1.0977	-0.0654	0.2432	-0.528	-0.3881	-0.0344	-0.6046	0.1227	0.0435	0.0999	-0.0255	-0.0154	0.075	-0.0191	-0.0627	0.0706	-3.121	-28.344	-79.868
2	1.5473	-0.4029	-0.2622	1.7528	-0.0753	1.9367	-0.0303	-0.2911	-0.3087	0.2938	0.0287	-0.2608	0.2937	0.2201	0.0015	-0.066	0.0147	-0.077	-0.089	0.0058	-0.1151	-6.183	-13.758	-52.2
3	5.0164	0.875	1.1991	1.8459	0.2166	1.8334	-0.1354	-0.1211	0.8641	-0.081	0.1048	0.1437	-0.3707	0.1277	0.0307	0.0316	-0.0231	0.0203	-0.0329	-0.0385	0.0352	-21.312	18.163	-35.51
4	1.4823	-0.0688	-0.0213	1.4002	-0.2207	1.8598	-0.011	0.1317	0.3639	-0.071	0.0137	-0.0132	-0.2955	-0.0225	-0.0026	-0.1444	0.0273	-0.0044	-0.1224	0.0229	-0.1754	-14.21	5.231	-63.282
5	5.1137	2.1796	4.1314	5.5494	3.859	7.7561	0.8544	-0.7007	-0.7885	0.9322	-0.463	-0.3994	1.3067	-0.7484	-0.3914	0.2334	-0.1759	-0.1701	0.0525	0.0733	0.0675	-0.117	-56.08	-9.207
6	1.6906	-0.0307	-0.3145	1.4871	0.1545	1.5543	-0.0735	0.0407	-0.2516	0.0425	-0.0275	-0.0758	0.2968	-0.0033	0.1009	-0.1153	-0.0026	-0.0266	-0.1715	-0.0031	-0.1863	28.851	-43.271	-13.337
7	1.4016	0.1669	-0.4271	4.5056	-0.3683	4.6684	-0.0262	0.0245	0.0572	-0.2449	0.1157	-0.3393	-0.1136	0.2624	-0.0895	-0.048	-0.0121	0.0463	-0.1025	-0.0145	-0.0887	46.297	-9.782	-23.226
8	2.4637	0.3778	-0.1163	1.9629	-0.1011	1.3132	0.0205	0.4063	0.4034	-0.2127	0.0413	0.1901	-0.2886	-0.3522	-0.0618	-0.087	0.0239	-0.0487	-0.107	0.038	-0.1076	18.515	-24.438	-22.473

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	6 - 105	6 - 105
2	1	A	A	302 - 326	302 - 326
3	2	A	A	106 - 301	106 - 301
4	3	B	B	6 - 105	6 - 105
5	3	B	B	302 - 326	302 - 326
6	4	B	B	106 - 301	106 - 301
7	5	C	C	6 - 105	6 - 105
8	5	C	C	302 - 326	302 - 326
9	6	C	C	106 - 301	106 - 301
10	7	D	D	6 - 105	6 - 105
11	7	D	D	302 - 326	302 - 326
12	8	D	D	106 - 301	106 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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