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万見
- PDB-2h1d: ResA pH 9.25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1d
タイトルResA pH 9.25
要素Thiol-disulfide oxidoreductase resA
キーワードOXIDOREDUCTASE / ResA / High pH / 9.25 / pH 9.25 / ResA hiph
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / antioxidant activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiol-disulphide oxidoreductase ResA / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol-disulphide oxidoreductase ResA / : / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol-disulfide oxidoreductase ResA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lewin, A. / Crow, A. / Oubrie, A. / Le Brun, N.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Molecular Basis for Specificity of the Extracytoplasmic Thioredoxin ResA.
著者: Lewin, A. / Crow, A. / Oubrie, A. / Le Brun, N.E.
履歴
登録2006年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA
B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9463
ポリマ－31,8842
非ポリマー621
水81145
1
A: Thiol-disulfide oxidoreductase resA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0042
ポリマ－15,9421
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiol-disulfide oxidoreductase resA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9421
ポリマ－15,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.289, 59.791, 110.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
12B
22A
32B
42A

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERVALVALAA40 - 1374 - 101
211SERSERVALVALBB40 - 1374 - 101
321PROPROGLYGLYAA141 - 175105 - 139
421PROPROGLYGLYBB141 - 175105 - 139
112SERSERVALVALBB40 - 1374 - 101
212SERSERVALVALAA40 - 1374 - 101
322PROPROGLYGLYBB141 - 175105 - 139
422PROPROGLYGLYAA141 - 175105 - 139

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The Biological Unit consists of a single ResA chain.

-
要素

#1: タンパク質 Thiol-disulfide oxidoreductase resA


分子量: 15942.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: resA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35160
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.25
詳細: Crystallized at pH 6.5 (30% PEG 4,000, 0.1 M MES, 0.2 M Ammonium Acetate) but then crystal soaked in a cryoprotectant at pH9.25 (MES component replaced by CHES pH 9.25) prior to data ...詳細: Crystallized at pH 6.5 (30% PEG 4,000, 0.1 M MES, 0.2 M Ammonium Acetate) but then crystal soaked in a cryoprotectant at pH9.25 (MES component replaced by CHES pH 9.25) prior to data collection. The structure therefore represents a 'high pH soak'. See publication for further details., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0688 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 9636 / Num. obs: 9636 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured all: 4975 / Num. unique all: 1409 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 98.6

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å37.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ProDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SU9

1su9


解像度: 2.6→37.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 10.843 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.412 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 496 5.2 %Copied free set from 1SU9 and extended with random reflections as required
Rwork0.195 ---
all0.2 9625 --
obs0.231 9625 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.412 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2157 0 4 45 2206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8291.9553000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg75271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39425.46497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92315380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.451154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8681.51395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53622216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7543941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2914.5784
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A532TIGHT POSITIONAL0.080.05
1A521LOOSE POSITIONAL0.45
1A532TIGHT THERMAL0.150.5
1A521LOOSE THERMAL2.0410
2B532TIGHT POSITIONAL0.080.05
2B521LOOSE POSITIONAL0.45
2B532TIGHT THERMAL0.150.5
2B521LOOSE THERMAL2.0410
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 33 -
Rwork0.228 670 -
obs-703 97.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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