PDB-2h0d: Structure of a Bmi-1-Ring1B Polycomb group ubiquitin ligase complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h0d

タイトル

Structure of a Bmi-1-Ring1B Polycomb group ubiquitin ligase complex

要素

B lymphoma Mo-MLV insertion region
Ubiquitin ligase protein RING2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN/LIGASE / Polycomb / chromatin / ubiquitin ligase / histone / transcription / wpigenetics / METAL BINDING PROTEIN-LIGASE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

: / histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / heterochromatin formation => GO:0031507 / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / sex chromatin / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity ...: / histone H2AK119 ubiquitin ligase activity / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / heterochromatin formation => GO:0031507 / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / sex chromatin / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / PcG protein complex / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / negative regulation of G0 to G1 transition / SUMOylation of DNA methylation proteins / gastrulation with mouth forming second / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / anterior/posterior axis specification / negative regulation of gene expression, epigenetic / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / germ cell development / humoral immune response / hemopoiesis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / MLL1 complex / heterochromatin / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ubiquitin ligase complex / positive regulation of B cell proliferation / epigenetic regulation of gene expression / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / promoter-specific chromatin binding / apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / euchromatin / brain development / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of fibroblast proliferation / mitotic cell cycle / gene expression / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / in utero embryonic development / nuclear body / protein ubiquitination / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Xu, R.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of a Bmi-1-Ring1B Polycomb Group Ubiquitin Ligase Complex.
著者: Li, Z. / Cao, R. / Wang, M. / Myers, M.P. / Zhang, Y. / Xu, R.M.

履歴

登録	2006年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h0d.cif.gz	55 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h0d.ent.gz	39.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6wi8-1 3rpg-3 6wi8-2 3ona-d 7c22-2 2ckl-d 3o35-2 6wzo-1 2ji2-2 6wji-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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アポトソーム (Apoptosomes)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
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HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: B lymphoma Mo-MLV insertion region

B: Ubiquitin ligase protein RING2

ヘテロ分子

23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.514, 120.514, 27.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	B lymphoma Mo-MLV insertion region 分子量: 11371.509 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-101 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-KG-6P / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5T8Z3, UniProt: P35226*PLUS
#2: タンパク質	Ubiquitin ligase protein RING2 / RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein ...RING finger protein 2 / RING finger protein 1B / RING1b / RING finger protein BAP-1 / DinG protein / Huntingtin-interacting protein 2-interacting protein 3 / HIP2-interacting protein 3 分子量: 11475.502 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 15-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCDFDuet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q99496, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20 mM Tris, 500 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1.5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.2821, 1.2826, 1.25

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月16日

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.2821	1
2	1.2826	1
3	1.25	1

Reflection

D res low: 50 Å / % possible obs: 98.4

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs
4	1	21.6	31717	0.075	1.68	2.5	7967
4	2	21.6	31717	0.075	1.68	2.5	7967
3.5	3	18.8	22779	0.077	1.49	2.7	6490

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.38	50	88	1	0.071	2.27	3.2
4.27	5.38	98.3	1	0.068	2.167	3.7
3.73	4.27	99.3	1	0.065	2.47	3.9
3.39	3.73	99.2	1	0.064	2.158	3.9
3.15	3.39	99.6	1	0.07	1.906	4.2
2.96	3.15	100	1	0.092	1.556	4.1
2.82	2.96	100	1	0.105	1.337	4.2
2.69	2.82	100	1	0.119	1.211	4.1
2.59	2.69	100	1	0.141	1.096	4.2
2.5	2.59	100	1	0.165	0.96	4.1
5.38	50	88	2	0.071	2.27	3.2
4.27	5.38	98.3	2	0.068	2.167	3.7
3.73	4.27	99.3	2	0.065	2.47	3.9
3.39	3.73	99.2	2	0.064	2.158	3.9
3.15	3.39	99.6	2	0.07	1.906	4.2
2.96	3.15	100	2	0.092	1.556	4.1
2.82	2.96	100	2	0.105	1.337	4.2
2.69	2.82	100	2	0.119	1.211	4.1
2.59	2.69	100	2	0.141	1.096	4.2
2.5	2.59	100	2	0.165	0.96	4.1
5.81	50	85.7	3	0.079	2.552	3.1
4.62	5.81	99.4	3	0.062	2.657	3.3
4.03	4.62	99.8	3	0.06	2.163	3.5
3.66	4.03	100	3	0.061	1.839	3.6
3.4	3.66	99.8	3	0.073	1.45	3.5
3.2	3.4	100	3	0.095	1.162	3.7
3.04	3.2	100	3	0.131	0.996	3.5
2.91	3.04	100	3	0.162	0.876	3.7
2.8	2.91	100	3	0.222	0.811	3.6
2.7	2.8	100	3	0.252	0.751	3.6

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8143 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.9

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.258 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	1.2826	3.87	-4.97
1	3 wavelength	2	1.2821	5.99	-13.17
1	3 wavelength	3	1.25	4.97	3.46

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Zn	45.825	0.352	0.48	0.493	0.548
2	Zn	21.077	0.255	0.471	0.139	0.359
3	Zn	38.362	0.439	0.31	0.222	0.357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MADNESS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→104.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 16.127 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.625 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24418	373	4.6 %	RANDOM
R_work	0.20971	-	-	-
obs	0.21137	7686	99.04 %	-
all	-	8143	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.867 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0.32 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→104.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1589	0	4	31	1624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.996	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.834	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.215	22.615	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.283	15	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.608	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.598	1.5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.076	2	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.251	3	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.985	4.5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.503→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	25	-
R_work	0.231	536	-
obs	-	-	99.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2202	-1.8001	0.2441	2.4586	-0.2933	2.4147	0.0576	-0.0312	-0.0468	-0.1241	-0.0012	0.024	0.0112	-0.1334	-0.0565	0.0406	0.0081	-0.0056	0.0613	0.0037	0.0272	5.9285	48.47	12.2762
2	1.8565	0.366	0.4574	4.2203	0.4138	2.4205	0.0282	-0.15	0.1263	0.1692	-0.0828	-0.476	0.0394	0.1986	0.0546	0.0212	0.0191	0.0207	0.0632	0.0482	-0.0168	14.3835	48.773	19.9753
3	9.2469	-0.4901	0.2001	1.5089	0.8482	1.2766	0.3391	-0.2993	-0.395	-0.0391	-0.0951	0.0391	0.1695	-0.0032	-0.244	-0.0183	-0.0924	-0.0245	0.1098	0.0287	0.0773	-8.1661	38.0307	15.0633
4	5.4991	5.8242	3.4199	14.303	5.5317	3.7891	0.0026	-0.2446	-0.054	0.3445	-0.1767	-0.0496	-0.1313	0.3394	0.1741	0.0374	0.018	-0.0063	0.1472	0.0193	0.0029	17.7516	49.3633	28.5807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 82	1 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	15 - 39	1 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	40 - 114	26 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	83 - 101	79 - 97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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