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- PDB-2gzd: Crystal Structure of Rab11 in Complex with Rab11-FIP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gzd
タイトルCrystal Structure of Rab11 in Complex with Rab11-FIP2
要素
  • Rab11 family-interacting protein 2
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / G protein folds / a-helical coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / : / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process ...TRAM-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / : / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / establishment of vesicle localization / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / exosomal secretion / regulated exocytosis / regulation of cilium assembly / melanosome transport / amyloid-beta clearance by transcytosis / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / Golgi to plasma membrane protein transport / multivesicular body assembly / protein localization to cilium / dynein light intermediate chain binding / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / establishment of cell polarity / positive regulation of epithelial cell migration / exocytosis / cleavage furrow / phagocytic cup / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / phagocytosis / phagocytic vesicle / vesicle-mediated transport / transport vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / multivesicular body / positive regulation of GTPase activity / small monomeric GTPase / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / cell projection / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / trans-Golgi network / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / G protein activity / small GTPase binding / spindle pole / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / recycling endosome membrane / endocytic vesicle membrane / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / endosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / glutamatergic synapse / GTP binding / protein kinase binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rab11-family interacting protein class I / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / small GTPase Rab1 family profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain ...Rab11-family interacting protein class I / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / small GTPase Rab1 family profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A / Rab11 family-interacting protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Khan, A.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of rab11 in complex with rab11 family interacting protein 2.
著者: Jagoe, W.N. / Lindsay, A.J. / Read, R.J. / McCoy, A.J. / McCaffrey, M.W. / Khan, A.R.
履歴
登録2006年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Ras-related protein Rab-11A
C: Rab11 family-interacting protein 2
D: Rab11 family-interacting protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8648
ポリマ－63,7694
非ポリマー1,0954
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.364, 91.149, 113.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA7 - 1737 - 173
21GLUGLUBB7 - 1737 - 173
12HISHISCC473 - 50068 - 95
22HISHISDD473 - 50068 - 95

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit consists of two molecules of Rab11 and two molecules of Rab11-FIP2, with the Rab11-FIP2 molecule forming a central parallel coiled coil nearly coincident with the crystallographic c-axis.

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8


分子量: 19547.830 Da / 分子数: 2 / 断片: G protein domain / 変異: Q70L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11a / プラスミド: pET-28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Rab11 family-interacting protein 2 / Rab11-FIP2 / NRip11


分子量: 12336.811 Da / 分子数: 2 / 断片: Rab11-FIP2 Rab-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMAL-c2x / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7L804
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: Ammonium phosphate buffer, between 0.1 and 0.5 M concentration, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97865 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月6日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97865 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 24131 / Num. obs: 24064 / % possible obs: 99.72 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Num. unique all: 2565 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rab11 in complex with Rab11-FIP in the trigonal space group

解像度: 2.44→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 8.166 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27888 1290 5.1 %RANDOM
Rwork0.22628 ---
all0.22886 25403 --
obs0.22886 24064 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.45 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3---2.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.261 Å0.321 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3258 0 66 78 3402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9741.9844595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5125402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.28223.374163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.59415587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0531531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0490.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1541.52093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85723253
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48831514
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7324.51342
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1328medium positional0.430.5
2C239medium positional0.350.5
1A1328medium thermal0.892
2C239medium thermal0.732
LS精密化 シェル解像度: 2.44→50 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 1290 -
Rwork0.227 1717 -
obs-24064 98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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