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- PDB-2gys: 2.7 A structure of the extracellular domains of the human beta co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gys
タイトル2.7 A structure of the extracellular domains of the human beta common receptor involved in IL-3, IL-5, and GM-CSF signalling
要素Cytokine receptor common beta chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / CYTOKINE / DIMER OF INTERLOCKING CHAINS OF FIBRONECTIN-III DOMAINS / FOUR FIBRONECTIN-III DOMAINS PER CHAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / Surfactant metabolism / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway ...Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / Surfactant metabolism / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / coreceptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cytokine receptor common subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Carr, P.D. / Conlan, F. / Ford, S. / Ollis, D.L. / Young, I.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: An improved resolution structure of the human beta common receptor involved in IL-3, IL-5 and GM-CSF signalling which gives better definition of the high-affinity binding epitope.
著者: Carr, P.D. / Conlan, F. / Ford, S. / Ollis, D.L. / Young, I.G.
履歴
登録2006年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokine receptor common beta chain
B: Cytokine receptor common beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2316
ポリマ－95,6252
非ポリマー2,6064
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area42520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.909, 184.909, 101.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Cytokine receptor common beta chain / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta-chain / CD131 antigen / CDw131


分子量: 47812.473 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, residues 25-443 / 変異: N328Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB / プラスミド: PBACPAK8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: GenBank: 47678387, UniProt: P32927*PLUS
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 10% polyethylene glycol 5000 mono-methyl ether in phosphate buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.117 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月7日
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 35381 / Num. obs: 32327 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.96 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.153 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 40.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1gh7

1gh7


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 26.835 / SU ML: 0.27 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.671 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26913 1392 4.3 %RANDOM
Rwork0.21169 ---
all0.21426 35381 --
obs0.21426 30934 91.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0.58 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---1.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.459 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6280 0 174 0 6454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0216656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2171.9639141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2995795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83222.852298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.32115945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0651558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.22722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.24457
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.310.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.751.54109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3526529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17132903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5574.52612
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.541 46 -
Rwork0.394 873 -
obs-1431 34.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1155-1.0110.69380.8462-0.22.3907-0.05860.5109-0.4543-0.3549-0.13170.09480.03190.26410.1904-0.2152-0.0394-0.0149-0.2986-0.022-0.1403-21.5591-20.261-33.2171
21.34611.37262.01324.80783.59495.1981-0.0052-0.0199-0.15010.24360.2070.005-0.16940.4323-0.2018-0.1135-0.0296-0.01-0.19440.0813-0.09410.1119-31.708611.4699
32.227-2.7301-4.21714.64274.71718.14380.2888-0.00530.22270.19330.0267-0.34320.12320.5212-0.31550.0372-0.1162-0.1611-0.03890.00810.135733.6766-9.953415.8708
41.563-3.3257-2.07828.5672.64834.87370.26180.42070.52980.17410.09290.7918-0.5861-0.6604-0.35470.3951-0.00440.15310.1413-0.00530.322422.29340.655537.7761
51.27890.3642-0.15649.8212-0.38923.3543-0.0004-0.2357-0.13210.8715-0.0045-0.23120.2696-0.03660.00490.073-0.08050.02410.0729-0.0467-0.143929.487511.828532.8835
66.85360.03795.24220.99790.0957.8950.1386-0.33420.04410.26430.0184-0.26090.4138-0.0808-0.157-0.2838-0.00080.0704-0.292-0.0422-0.00125.1704-22.2292-10.766
71.5821-1.21061.57476.0149-5.64025.43320.1190.0852-0.18950.2473-0.00530.20420.03890.0032-0.1137-0.3369-0.0006-0.0245-0.2443-0.0047-0.0463-4.2762-33.8789-15.6066
83.7481-0.13160.63283.6637-1.70614.0982-0.16780.59740.5906-0.19860.16770.2874-0.8813-0.528200.01970.0739-0.1348-0.05460.00550.0102-45.1186-3.7271-39.1486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 911 - 91
2X-RAY DIFFRACTION1BB310 - 317310 - 317
3X-RAY DIFFRACTION2AA106 - 215106 - 215
4X-RAY DIFFRACTION3AA220 - 300220 - 300
5X-RAY DIFFRACTION3BB94 - 10394 - 103
6X-RAY DIFFRACTION4AA320 - 418320 - 418
7X-RAY DIFFRACTION5BB1 - 911 - 91
8X-RAY DIFFRACTION5AA310 - 317310 - 317
9X-RAY DIFFRACTION6BB106 - 215106 - 215
10X-RAY DIFFRACTION7BB220 - 307220 - 307
11X-RAY DIFFRACTION7AA94 - 10394 - 103
12X-RAY DIFFRACTION8BB320 - 418320 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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