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- PDB-2gx8: The Crystal Structure of Bacillus cereus protein related to NIF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gx8
タイトルThe Crystal Structure of Bacillus cereus protein related to NIF3
要素NIF3-related protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NIF3 related protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DUF34/NIF3, bacteria / DUF34/NIF3 / Duf34/NIF3 (NGG1p interacting factor 3) / DUF34/NIF3 superfamily / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GTP cyclohydrolase 1 type 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Vorontsov, I.I. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The 2.2 A resolution crystal structure of Bacillus cereus Nif3-family protein YqfO reveals a conserved dimetal-binding motif and a regulatory domain
著者: Godsey, M.H. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Vorontsov, I.I. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.
履歴
登録2006年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NIF3-related protein
B: NIF3-related protein
C: NIF3-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,65815
ポリマ－130,9523
非ポリマー1,70612
水11,097616
1
A: NIF3-related protein
B: NIF3-related protein
C: NIF3-related protein
ヘテロ分子

A: NIF3-related protein
B: NIF3-related protein
C: NIF3-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,31730
ポリマ－261,9056
非ポリマー3,41224
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area33360 Å2
ΔGint-533 kcal/mol
Surface area88720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.036, 95.036, 260.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

詳細The biologiacl assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operation: x-y, -y, -z+1/3

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要素

#1: タンパク質 NIF3-related protein


分子量: 43650.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / 遺伝子: AAP11199 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: GenBank: 29897924, UniProt: Q818H0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.25M NaCl, 25%w/v PEG1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.94642 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月30日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94642 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 68204 / Num. obs: 68204 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.48 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 34.89
反射 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / 冗長度: 3.14 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / Num. unique all: 10144 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→28.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 17.905 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26123 3421 5 %RANDOM
Rwork0.19572 ---
obs0.199 65026 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.759 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20.78 Å20 Å2
2--1.56 Å20 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8366 0 89 616 9071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.9711656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.35451080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23325.606371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.418151519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9851521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.33867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.55870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.5858
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.020.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.3184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0961.55518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77228662
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09233416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5954.52994
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 217 -
Rwork0.36 4097 -
obs--84.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2732-1.19440.86056.49591.59252.9372-0.05920.0343-0.1228-0.24830.2471-0.1314-0.03030.1124-0.188-0.4304-0.16520.11390.1395-0.1702-0.128933.96829.094320.5061
23.72890.72672.44733.60931.277410.92080.1023-0.00590.1709-0.41350.00840.07880.2380.2961-0.1107-0.23870.0775-0.0008-0.34450.0112-0.247716.4207-25.01243.8448
32.82810.6939-2.00174.59670.95288.053-0.0201-0.083-0.29660.00920.2052-0.31420.42240.1682-0.1851-0.46510.0051-0.06820.1264-0.23110.061545.5785-12.694836.3002
42.3201-0.87113.47242.6788-0.96148.91160.12440.3989-0.2991-0.60230.4179-0.4232-0.10240.8505-0.5423-0.3423-0.10530.21390.288-0.2710.074145.00052.595618.7716
51.32340.4925-0.29982.87940.99716.10980.11-0.1785-0.1346-0.1275-0.1055-0.1596-0.0030.158-0.0045-0.48650.0375-0.0249-0.0790.0052-0.2698-19.1463-1.284130.1646
63.90160.08580.630712.16223.14635.0514-0.0554-0.4855-0.31550.4745-0.13142.28520.6433-1.24760.1869-0.1194-0.12590.04780.15160.01820.2950.2339-32.18512.4961
74.78610.93040.33336.91443.01363.5408-0.08920.2761-0.077-0.65330.1659-0.5461-0.2474-0.0329-0.0767-0.29870.03060.1057-0.168-0.0483-0.2277-1.284713.117211.5378
84.21494.54081.22897.51941.26042.2954-0.14860.2778-0.0101-0.2930.28620.19760.0311-0.2516-0.1375-0.40220.0968-0.0362-0.0051-0.0334-0.3368-20.70153.680218.2354
95.15922.72390.95845.2532.31254.4772-0.2190.6081-0.2777-0.0740.3226-0.31180.35660.407-0.1036-0.28820.1479-0.00980.0062-0.1564-0.122919.6425-29.308456.7382
105.6852-0.515-2.82575.5680.55329.07620.2043-0.7725-0.66480.425-0.2291-0.11611.09580.38570.0247-0.00890.0489-0.1077-0.13010.1286-0.160418.91-38.314118.0347
112.6975-0.6267-4.57340.75460.58078.1348-0.17590.4908-0.3233-0.0511-0.18440.18820.7228-0.41120.3602-0.2005-0.1651-0.02590.0134-0.1283-0.1229-3.5145-31.914944.711
123.976-1.27580.53162.03240.05322.20080.0940.2533-0.41820.07580.0437-0.18820.66730.1176-0.1378-0.1317-0.0419-0.0296-0.1461-0.1231-0.11683.5222-31.9856.9422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 11028 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2AA131 - 244155 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3AA111 - 130135 - 154
4X-RAY DIFFRACTION3AA245 - 333269 - 357
5X-RAY DIFFRACTION4AA334 - 373358 - 397
6X-RAY DIFFRACTION5BB4 - 11028 - 134
7X-RAY DIFFRACTION6BB131 - 243155 - 267
8X-RAY DIFFRACTION7BB111 - 130135 - 154
9X-RAY DIFFRACTION7BB244 - 330268 - 354
10X-RAY DIFFRACTION8BB331 - 373355 - 397
11X-RAY DIFFRACTION9CC4 - 11028 - 134
12X-RAY DIFFRACTION10CC131 - 222155 - 246
13X-RAY DIFFRACTION11CC111 - 130135 - 154
14X-RAY DIFFRACTION11CC223 - 309247 - 333
15X-RAY DIFFRACTION12CC310 - 373334 - 397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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