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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gw8 | ||||||
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タイトル | Structure of the PII signal transduction protein of Neisseria meningitidis at 1.85 resolution | ||||||
![]() | PII signal transduction protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Pii / signal transduction / transcriptional regulation / neisseria / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nichols, C.E. / Sainsbury, S. / Berrow, N.S. / Alderton, D. / Stammers, D.K. / Owens, R.J. / Oxford Protein Production Facility (OPPF) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the P(II) signal transduction protein of Neisseria meningitidis at 1.85 A resolution. 著者: Nichols, C.E. / Sainsbury, S. / Berrow, N.S. / Alderton, D. / Saunders, N.J. / Stammers, D.K. / Owens, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pilS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The asymetric unit contains a monomer, but the known biological oligomeric state is trimeric, with the 3-fold parallel to Z. Two identical biological trimers are thus formed by the application of symetry operations 1-3 and 4-6 respectively. 1. X,Y,Z 2. X-Y,X,1/2+Z 3. -Y,X -Y,Z 4. -X,-Y,1/2+Z 5. -X+Y,-X,Z 6. Y,-X+Y,1/2+Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12484.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: NMB1955 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.17M ammonium sulphate / 25.5% PEG4000 / 15% v/v glycerol, pH Unbuffered, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月1日 / 詳細: Mirror, vertical focussing |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 8821 / Num. obs: 8803 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 28.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 99.63 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1PIL 解像度: 1.85→26.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1200787.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.4458 Å2 / ksol: 0.370388 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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