+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gw1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Yeast Tom70 | ||||||
要素 | Mitochondrial precursor proteins import receptor | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / TPR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein insertion into mitochondrial inner membrane / protein-transporting ATPase activity / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial outer membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Sha, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of yeast mitochondrial outer membrane translocon member Tom70p. 著者: Wu, Y. / Sha, B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gw1.cif.gz | 199.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2gw1.ent.gz | 166.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gw1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gw1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58810.211 Da / 分子数: 2 / 断片: cytosolic fragment / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TOM70, MAS70, OMP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07213 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.77 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M ammonium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日 |
放射 | モノクロメーター: 0.97903 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 25274 / % possible obs: 95 % |
反射 シェル | 解像度: 3→3.12 Å / % possible all: 91.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→46.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 946224.81 / Data cutoff high rms absF: 946224.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3333 Å2 / ksol: 0.318691 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.9 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.17 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|