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- PDB-2gvg: Crystal Structure of human NMPRTase and its complex with NMN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gvg
タイトルCrystal Structure of human NMPRTase and its complex with NMN
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NMPRTase / Visfatin / PBEF / CRYSTAL / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / nicotinate metabolic process / NADP+ biosynthetic process / NAD+ biosynthetic process / Nicotinate metabolism / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide metabolic process / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / nicotinate metabolic process / NADP+ biosynthetic process / NAD+ biosynthetic process / Nicotinate metabolism / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear speck / mitochondrial matrix / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Khan, J.A. / Tao, X. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Molecular basis for the inhibition of human NMPRTase, a novel target for anticancer agents.
著者: Khan, J.A. / Tao, X. / Tong, L.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
E: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
F: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,72124
ポリマ－333,5706
非ポリマー3,15118
水25,1311395
1
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2408
ポリマ－111,1902
非ポリマー1,0506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10800 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA
2
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2408
ポリマ－111,1902
非ポリマー1,0506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
3
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
E: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2408
ポリマ－111,1902
非ポリマー1,0506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10770 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area31490 Å2
手法PISA
4
F: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

F: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2408
ポリマ－111,1902
非ポリマー1,0506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)253.070, 101.367, 148.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.48, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Nicotinamide phosphoribosyltransferase


分子量: 55594.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE


分子量: 335.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.2
詳細: 50mM phosphate buffer ph 9.2 24% PEG 3350, 200mM NaCl BaCl2 as additive, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 142302 / Num. obs: 142302 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.246 -
Rwork0.197 -
all-142302
obs-142302
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22214 0 192 1395 23801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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