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- PDB-2gve: Time-of-Flight Neutron Diffraction Structure of D-Xylose Isomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gve
タイトルTime-of-Flight Neutron Diffraction Structure of D-Xylose Isomerase
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / TIM barrel-beta-alpha-barrels / two metal binding sites / protonation states of residues
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DEUTERATED WATER / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Katz, A.K. / Li, X. / Carrell, H.L. / Hanson, B.L. / Langan, P. / Coates, L. / Schoenborn, B.P. / Glusker, J.P. / Bunick, G.J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Locating active-site hydrogen atoms in D-xylose isomerase: Time-of-flight neutron diffraction.
著者: Katz, A.K. / Li, X. / Carrell, H.L. / Hanson, B.L. / Langan, P. / Coates, L. / Schoenborn, B.P. / Glusker, J.P. / Bunick, G.J.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1994
タイトル: Modes of binding substrates and their analogs to the enzyme D-xylose isomerase
著者: Carrell, H.L. / Hoier, H. / Glusker, J.P.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4013
ポリマ－43,2831
非ポリマー1182
水9,224512
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,60512
ポリマ－173,1334
非ポリマー4718
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area32780 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area45560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.880, 99.680, 102.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1094-

DOD

21A-1269-

DOD

31A-1279-

DOD

41A-3335-

DOD

詳細homo-tetramer consisting of subunits related by crystallographic 222 symmetry

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8
詳細: 50mM tris-HCl,38%AMSO4,2mM Mn2+ and 2mM Co2+,XI @ 125mg/ml, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 0.7-7.0
検出器タイプ: Time-of-Flight Multiwire He3 neutron detector / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2003年9月15日
放射モノクロメーター: chopper / プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
271
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 34394 / Num. obs: 34394 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rsym value: 0.185
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / Num. unique all: 3692 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKmodified for neutron time-of-flight laueデータ削減
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
d*TREKMODIFIED FOR NEUTRON TIME-OF-FLIGHT LAUEデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XIB

1xib


解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.319 1184 5%, Random
Rwork0.268 --
obs0.271 23312 -
all-23312 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 2 512 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONs_bond_d0.032
NEUTRON DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
NEUTRON DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.055
NEUTRON DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.168
NEUTRON DIFFRACTIONs_angle_d0.173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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