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万見
- PDB-2gv5: crystal structure of Sfi1p/Cdc31p complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gv5
タイトルcrystal structure of Sfi1p/Cdc31p complex
要素
  • Cell division control protein 31
  • Sfi1p
キーワードCELL CYCLE / Sfi1p / centrin / cdc31p / spindle pole body / centrosome
機能・相同性
機能・相同性情報


half bridge of spindle pole body / spindle pole body duplication / mitotic spindle pole body / Golgi vesicle transport / transcription export complex 2 / mRNA export from nucleus / spindle assembly / microtubule cytoskeleton organization / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle ...half bridge of spindle pole body / spindle pole body duplication / mitotic spindle pole body / Golgi vesicle transport / transcription export complex 2 / mRNA export from nucleus / spindle assembly / microtubule cytoskeleton organization / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / nuclear envelope / microtubule binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell division / calcium ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sfi1 spindle body / Spindle body associated protein, C-terminal domain / Sfi1 spindle body protein / Spindle body associated protein C-terminus / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1760 / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EF-hand domain pair ...Sfi1 spindle body / Spindle body associated protein, C-terminal domain / Sfi1 spindle body protein / Spindle body associated protein C-terminus / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1760 / EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 31 / Protein SFI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, S. / Sandercock, A.M. / Conduit, P.T. / Robinson, C.V. / Williams, R.L. / Kilmartin, J.V.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural role of Sfi1p-centrin filaments in budding yeast spindle pole body duplication.
著者: Li, S. / Sandercock, A.M. / Conduit, P. / Robinson, C.V. / Williams, R.L. / Kilmartin, J.V.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division control protein 31
B: Cell division control protein 31
C: Sfi1p
D: Cell division control protein 31
E: Cell division control protein 31
F: Sfi1p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0806
ポリマ－94,0806
非ポリマー00
水95553
1
A: Cell division control protein 31
B: Cell division control protein 31
C: Sfi1p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0403
ポリマ－47,0403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
D: Cell division control protein 31
E: Cell division control protein 31
F: Sfi1p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0403
ポリマ－47,0403
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.775, 104.735, 184.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSERAA15 - 16115 - 161
21SERSERSERSERDD15 - 16115 - 161
12SERSERSERSERBB15 - 16115 - 161
22SERSERSERSEREE15 - 16115 - 161
13LYSLYSGLUGLUCC643 - 7106 - 73
23LYSLYSGLUGLUFF643 - 7106 - 73

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Cell division control protein 31 / Nucleoporin CDC31 / Nuclear pore protein CDC31


分子量: 19055.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC31 / プラスミド: pGEX6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P06704
#2: タンパク質 Sfi1p


分子量: 8929.131 Da / 分子数: 2 / Fragment: Residues: 643-710 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SFI1 / プラスミド: pGEX6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q12369
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 18% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9797, 0.9799, 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97991
30.91841
反射解像度: 3→92.45 Å / Num. all: 34711 / Num. obs: 34711 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.3 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SnB位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→92.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 33.389 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29654 1827 5 %RANDOM
Rwork0.25307 ---
obs0.25522 34711 99.98 %-
all-34711 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.42 Å20 Å20 Å2
2--2.64 Å20 Å2
3----6.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→92.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 0 53 6175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.988320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5915732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2725.35357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.569151235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5321540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.24327
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2930.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4781.53752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6625868
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15132703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6574.52452
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1211tight positional0.020.05
2B1211tight positional0.020.05
3C594tight positional0.020.05
1A1211tight thermal0.030.5
2B1211tight thermal0.030.5
3C594tight thermal0.030.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 126 -
Rwork0.404 2533 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43462.873-0.12152.22591.79439.62630.21780.0381-0.43110.0251-0.413-0.15570.74620.33350.1952-0.3020.1493-0.0018-0.20260.0383-0.275829.50737.698161.018
26.3417-1.26190.03539.67310.39716.4638-0.05770.61630.1256-0.04120.1715-0.1929-0.04840.3499-0.1137-0.4387-0.0639-0.0121-0.07370.0933-0.50910.31851.546137.561
33.77312.0857-1.0665.35-0.87710.7359-0.0176-0.1572-0.7546-0.3045-0.20870.0131.84130.11110.22630.11060.00850.03540.06560.06-0.172314.64342.867111.114
45.06930.38360.021110.9443-4.622510.9908-0.256-0.0026-0.010.396-0.0398-0.6939-1.03511.08130.2959-0.2074-0.1199-0.06480.06120.0217-0.425321.79966.4893.151
53.0598-2.131613.03292.4868-8.745955.6229-0.27660.16330.31080.22340.1171-0.0713-0.66040.35580.1595-0.49640.0218-0.0144-0.1287-0.0007-0.470319.67752.509147.586
62.83640.6287-8.6290.9229-6.178751.0996-0.03540.46-0.0676-0.2589-0.35010.14050.57450.78830.3855-0.15380.0547-0.01780.18190.1192-0.426323.71456.96496.957
74.9961-2.0845-0.82771.8973-1.89959.94830.212-0.1268-0.5420.1377-0.43530.0941.0716-0.33790.2233-0.2084-0.18180.0426-0.172-0.0597-0.2465-29.50637.79455.035
85.90230.8810.43810.462-1.74676.2402-0.1884-0.53210.06240.10870.21350.29480.146-0.1495-0.0252-0.45160.04190.0202-0.1063-0.0981-0.4976-10.251.56378.509
93.1804-1.3746-0.86335.14791.379613.4178-0.10150.2346-0.69670.3193-0.1122-0.12962.4301-0.0560.21370.09860.04090.0479-0.0685-0.009-0.1516-14.49242.826104.94
105.5489-0.44191.92729.56271.958712.1198-0.1701-0.34190.08070.1581-0.03230.4759-0.4585-0.66620.2023-0.50270.1069-0.0185-0.2070.0119-0.3499-21.46766.468122.875
113.12731.983912.19881.47528.90853.8955-0.1753-0.01350.1704-0.2406-0.03170.1654-1.0077-0.32760.2071-0.42120.0098-0.0262-0.1427-0.0132-0.4444-19.65452.61768.525
124.4893-1.332-12.48512.18738.350271.8256-0.0991-0.4083-0.0790.5078-0.3684-0.241.1075-0.45490.4675-0.3428-0.10390.0036-0.168-0.021-0.3526-23.55957.077119.168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 9315 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2AA94 - 16194 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3BB15 - 9315 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4BB94 - 16194 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5CC643 - 6726 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6CC675 - 71038 - 73
7X-RAY DIFFRACTION7DD15 - 9315 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8DD94 - 16194 - 161
9X-RAY DIFFRACTION9EE15 - 9315 - 93
10X-RAY DIFFRACTION10EE94 - 16194 - 161
11X-RAY DIFFRACTION11FF643 - 6726 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12FF675 - 71038 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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