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- PDB-2gu0: Crystal Structure of Human Rotavirus NSP2 (Group C / Bristol Strain) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gu0
タイトルCrystal Structure of Human Rotavirus NSP2 (Group C / Bristol Strain)
要素Nonstructural protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / NSP2 / rotavirus (ロタウイルス) / HIT motif / Bristol
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides / viral genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus NSP2 fragment, C-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2 fragment, N-terminal domain / Rotavirus NSP2, N-terminal / Rotavirus NSP2, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 35, C-terminal / Rotavirus non-structural protein 2 / HIT family, subunit A / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jiang, X. / Prasad, B.V.V.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2006
タイトル: Structure-function analysis of rotavirus NSP2 octamer by using a novel complementation system
著者: Taraporewala, Z.F. / Jiang, X. / Vasquez-Del Carpio, R. / Jayaram, H. / Prasad, B.V.V. / Patton, J.T.
履歴
登録2006年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nonstructural protein 2
B: Nonstructural protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9282
ポリマ－71,9282
非ポリマー00
水0
1
A: Nonstructural protein 2
B: Nonstructural protein 2

A: Nonstructural protein 2
B: Nonstructural protein 2

A: Nonstructural protein 2
B: Nonstructural protein 2

A: Nonstructural protein 2
B: Nonstructural protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,7138
ポリマ－287,7138
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.181, 134.181, 112.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a octamer generated from the two monomers in the asymmetric unit by the operations: (-x, -y, z), (-y, x, z) and (y, -x, z).

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要素

#1: タンパク質 Nonstructural protein 2


分子量: 35964.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus C (ウイルス) / 生物種: Rotavirus C / 株: Bristol / 遺伝子: NSP2, segment 9 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q9PY93

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 1.5-1.7M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月18日
放射モノクロメーター: high-resolution double-crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→500 Å / Num. all: 23492 / Num. obs: 23468 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→500 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2310 9.4 %Random
Rwork0.231 ---
all0.238 23492 --
obs0.236 23468 95.5 %-
溶媒の処理Bsol: 19.957 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 45.124 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.873 Å20 Å20 Å2
2--10.873 Å20 Å2
3----21.747 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4872 0 0 0 4872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4862
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0342.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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