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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gtl | ||||||
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タイトル | Lumbricus Erythrocruorin at 3.5A resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Annelid erythrocruorins / respiratory protein / hexagonal bilayer / dihedral D6 symmetry / triple stranded helical coils / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lumbricus terrestris (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Royer Jr., W.E. / Sharma, H. / Strand, K. / Knapp, J.E. / Bhyravbhatla, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Lumbricus erythrocruorin at 3.5 a resolution: architecture of a megadalton respiratory complex. 著者: Royer Jr., W.E. / Sharma, H. / Strand, K. / Knapp, J.E. / Bhyravbhatla, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Authors state that the conflicts at residue 78 for chains A,E,I and residue 66 for chains ...SEQUENCE Authors state that the conflicts at residue 78 for chains A,E,I and residue 66 for chains B,F,J are possibly due to an error with the sequencing, however they can not distinguish it at the current resolution. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gtl.cif.gz | 448.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gtl.ent.gz | 383.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gtl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gtl_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gtl_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2gtl_validation.xml.gz | 95.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gtl_validation.cif.gz | 122.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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3 |
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4 |
| x 24||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 622 シェーンフリース記号: D6 (2回x6回 2面回転対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-Extracellular globin ... , 2種, 6分子 AEIBFJ
#1: タンパク質 | 分子量: 17566.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13579 #2: タンパク質 | 分子量: 16268.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P02218 |
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-タンパク質 , 3種, 7分子 CGKDHLM
#3: タンパク質 | 分子量: 17331.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P11069 #4: タンパク質 | 分子量: 15988.263 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: O61233 #5: タンパク質 | | 分子量: 24936.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q9GV76 |
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-Extracellular hemoglobin linker ... , 2種, 2分子 NO
#6: タンパク質 | 分子量: 25057.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I743 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 24486.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q2I742 |
-非ポリマー , 4種, 29分子
#8: 化合物 | ChemComp-CMO / #9: 化合物 | ChemComp-HEM / #10: 化合物 | ChemComp-CA / #11: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 6% (w/w) PEG 8000, 10mM CaCl2, 3% isopropanol, 60mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→100 Å / Num. all: 1718296 / Num. obs: 890862 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.63 Å / % possible all: 74.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→100 Å / FOM work R set: 0.786 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 68.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→100 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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