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万見
- PDB-2gtc: Crystal structure of the hypthetical protein from Bacillus cereus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gtc
タイトルCrystal structure of the hypthetical protein from Bacillus cereus (ATCC 14579). Northeast structural genomics Target BcR11
要素UPF0145 protein BC_1816
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0145, YbjQ-like / Putative heavy-metal-binding / UPF0145 domain superfamily / Hypothetical protein apc22750. Chain B / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / UPF0145 protein BCE33L0904 / UPF0145 protein BC_1816
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Conover, K. / Cooper, B. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the hypthetical protein from Bacillus cereus (ATCC 14579). Northeast structural genomics Target BcR11
著者: SEETHARAMAN, J. / Abashidze, M. / Forouhar, F. / Conover, K. / Cooper, B. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / B Acton, T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0145 protein BC_1816
B: UPF0145 protein BC_1816
C: UPF0145 protein BC_1816
D: UPF0145 protein BC_1816
E: UPF0145 protein BC_1816


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9965
ポリマ－61,9965
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13600 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.065, 54.609, 96.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細possibly pentamer

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要素

#1: タンパク質
UPF0145 protein BC_1816


分子量: 12399.259 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
生物種: Bacillus cereus / 株: ATCC 14579 DSM 31 / プラスミド: PET 21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q81EZ2, UniProt: Q63F05*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100mM Na3Citrate, 10% PEG 20k, 100 mM NH4Cl, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793, 0.97952, 0.96800
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.979521
30.9681
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 28498 / Num. obs: 27643 / % possible obs: 0.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 22.4 / Num. unique all: 2387 / Rsym value: 0.086

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 235932.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1143 4.9 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.239 24539 --
obs0.236 23140 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.8494 Å2 / ksol: 0.355792 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.69 Å20 Å21.06 Å2
2--4.93 Å20 Å2
3----11.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3840 0 0 120 3960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 154 4.2 %
Rwork0.334 3470 -
obs-2710 92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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