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万見
- PDB-2gt1: E. coli heptosyltransferase WaaC. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gt1
タイトルE. coli heptosyltransferase WaaC.
要素Lipopolysaccharide heptosyltransferase-1
キーワードTRANSFERASE / Gt-B fold
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide heptosyltransferase I / lipopolysaccharide heptosyltransferase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide heptosyltransferase I / : / Glycosyl transferase, family 9 / Glycosyltransferase family 9 (heptosyltransferase) / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli UTI89 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Grizot, S. / Salem, M. / Vongsouthi, V. / Durand, L. / Moreau, F. / Dohi, H. / Vincent, S. / Escaich, S. / Ducruix, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Escherichia coli Heptosyltransferase WaaC: Binary Complexes with ADP AND ADP-2-deoxy-2-fluoro Heptose.
著者: Grizot, S. / Salem, M. / Vongsouthi, V. / Durand, L. / Moreau, F. / Dohi, H. / Vincent, S. / Escaich, S. / Ducruix, A.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide heptosyltransferase-1
B: Lipopolysaccharide heptosyltransferase-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5492
ポリマ－72,5492
非ポリマー00
水7,062392
1
A: Lipopolysaccharide heptosyltransferase-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2751
ポリマ－36,2751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipopolysaccharide heptosyltransferase-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2751
ポリマ－36,2751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.650, 88.790, 89.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide heptosyltransferase-1


分子量: 36274.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli UTI89 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: RS218 / プラスミド: BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 91213139, UniProt: Q1R4X0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 1500, 100 mM Hepes (pH 7.O), 100 mM NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月30日
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 49550 / Num. obs: 49489 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4874 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2507 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all-49489 --
obs-49489 --
溶媒の処理Bsol: 40.875 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.567 Å20 Å20 Å2
2--3.011 Å20 Å2
3---0.556 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4930 0 0 392 5322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.441
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.272 283
Rwork0.232 -
obs-5552
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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