PDB-2gsf: The Human Epha3 Receptor Tyrosine Kinase and Juxtamembrane Region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gsf

タイトル

The Human Epha3 Receptor Tyrosine Kinase and Juxtamembrane Region

要素

Ephrin type-A receptor 3

キーワード

TRANSFERASE / ATP-binding / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Receptor / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

fasciculation of sensory neuron axon / fasciculation of motor neuron axon / ephrin receptor activity / regulation of epithelial to mesenchymal transition / GPI-linked ephrin receptor activity / negative regulation of endocytosis / transmembrane-ephrin receptor activity / EPH-Ephrin signaling / regulation of focal adhesion assembly / regulation of GTPase activity ...
類似検索 - 分子機能

Ephrin type-A receptor 3, ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Davis, T. / Dong, A. / Newman, E.M. / MacKenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Of The Human Epha3 Receptor Tyrosine Kinase and Juxtamembrane Region
著者: Davis, T. / Walker, J.R. / Dong, A. / Newman, E.M. / MacKenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 999

SEQUENCE The sequence is in accordance with the reference Chiari et al., 2000, Cancer Res., 60, 4855-4863

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gsf.cif.gz	131.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gsf.ent.gz	103 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2gsf_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gsf_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	2gsf_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	2gsf_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gsf	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2qoq-d 6fnj-2 2qok-d 5nad-d 6in0-d 4m3q-1 4p5q-d 4mha-2 4tyi-d 1fgi-2 3zfm-d 5n87-d 2rfn-2 2g15-d 4v01-2 5ia1-d 6tnb-d 5e3t-d 2zmc-d 6fnj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (3)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
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タイチン (Titin)
類似性 (1)
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成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
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クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ephrin type-A receptor 3

42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.163, 38.274, 76.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ephrin type-A receptor 3 / Tyrosine-protein kinase receptor ETK1 / HEK / HEK4 分子量: 41963.863 Da / 分子数: 1 断片: Catalytic Domain, Juxtamembrane Region, residues 577-947 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA3, ETK, ETK1, HEK / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29320, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ephrin type-A receptor 3 / Tyrosine-protein kinase receptor ETK1 / HEK / HEK4

分子量: 41963.863 Da / 分子数: 1
断片: Catalytic Domain, Juxtamembrane Region, residues 577-947
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA3, ETK, ETK1, HEK / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29320, receptor protein-tyrosine kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.23 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.5 詳細: 20 mg/mL protein, 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 29945 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 48.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 21.6 / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.77→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.596 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19455	1513	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15805	-	-	-
obs	0.15996	28392	99.12 %	-
all	-	29945	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.652 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	-1.24 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2233	0	0	264	2497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.967	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.089	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.043	23.737	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.625	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.989	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.178	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.761	3	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.573	4	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.487	5	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.096	7	814
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	113	-
R_work	0.156	2026	-
obs	-	-	96.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	37.984	8.2747	5.8881	5.305	3.0396	1.794	-0.0268	-2.6656	0.7593	0.468	-0.7039	1.1246	0.2506	-0.4992	0.7307	-0.0199	-0.01	0.0656	-0.0027	-0.0966	0.1051	-11.6967	27.4756	51.7155
2	3.5886	-0.4124	1.9579	7.9474	3.2341	2.5828	-0.0606	-0.2067	0.0645	-0.1637	-0.093	0.4442	-0.1669	-0.1897	0.1536	-0.0182	0.017	-0.0039	0.0664	0.008	0.0707	-22.4452	13.0449	41.8963
3	3.2954	0.6714	1.7986	22.2238	22.837	28.6398	-0.0248	-0.353	-0.3466	1.1163	0.4876	-0.6575	1.4044	0.3149	-0.4628	0.0136	-0.0117	-0.0107	0.0447	0.0997	-0.003	-17.3731	4.327	55.1079
4	2.1152	-0.6666	1.4714	1.7809	-0.7388	7.2802	0.0528	-0.1257	-0.1003	-0.0216	0.0908	0.0795	0.1286	0.0034	-0.1436	0.0283	-0.005	-0.0049	0.0333	0.0067	0.0721	-16.6509	8.1806	39.8354
5	10.3288	6.1678	-4.8466	4.841	-3.0471	2.2944	0.3758	-0.6878	0.4387	0.2611	-0.2614	0.2704	-0.1324	0.1243	-0.1144	-0.0095	-0.044	0.0054	0.0957	-0.0592	0.0083	-18.8027	17.9505	57.4287
6	4.4866	0.3562	-0.6369	0.8206	0.0751	1.7743	0.0012	-0.0552	0.0389	-0.0283	-0.0256	0.1507	-0.076	-0.2001	0.0244	0.0212	0.014	0.0014	0.0293	-0.0065	0.0501	-13.7563	15.6859	46.6744
7	3.5293	-2.6923	1.9641	4.0391	-2.0149	1.2275	0.1545	-0.0549	-0.1237	-0.0658	-0.0372	0.1978	0.169	-0.0611	-0.1173	0.0376	-0.0025	-0.0035	0.0189	0.0053	0.055	-1.1695	0.0598	51.3146
8	0.9004	-0.7131	0.1698	3.911	-0.0133	0.8044	0.0406	0.0437	-0.0141	-0.075	-0.0397	-0.0502	-0.0286	0.0243	-0.0009	0.0337	-0.0107	-0.002	0.0419	0.0035	0.0304	6.9061	11.2863	48.7399
9	1.0321	0.8468	1.2624	13.1928	2.4902	1.7134	0.0076	-0.1671	0.0683	0.5141	-0.0805	0.3672	0.0502	-0.158	0.073	0.0266	-0.0065	0.0178	0.0379	-0.01	0.0207	-0.3276	14.1118	58.5797
10	1.7089	-0.1626	0.7225	2.0847	-0.446	2.5716	0.0045	-0.329	0.1487	0.1944	0.0389	0.1849	-0.3087	-0.2874	-0.0434	0.0542	0.0184	0.0232	0.0645	-0.0283	0.0584	-2.0776	12.6008	53.6126
11	0.588	-0.2201	0.2588	1.6531	0.5196	1.2328	-0.0115	-0.1178	0.0318	0.0836	-0.0266	0.0406	-0.0735	-0.0873	0.0381	0.0228	-0.0018	0.0028	0.0513	-0.0082	0.0117	7.3355	14.9215	62.6778
12	2.5868	1.4857	2.5834	4.7272	1.5481	8.1581	0.0374	-0.1811	-0.0377	0.2982	-0.1773	0.1922	0.1253	-0.182	0.1399	0.0297	-0.0184	0.0151	0.0484	0.0196	0.023	7.037	5.5369	71.361
13	1.27	0.0712	0.0224	1.3261	-0.7397	2.227	0.0399	-0.0767	0.0264	0.1265	-0.1116	-0.1012	-0.0722	0.1178	0.0717	0.0262	-0.0254	-0.0127	0.0687	0.0056	0.0336	16.7515	13.0417	63.423
14	3.8342	-3.0023	-1.1947	5.0299	1.1913	3.3381	-0.0704	0.1756	-0.0662	-0.0712	0.0309	-0.2637	0.1036	0.2909	0.0395	0.0202	-0.0298	0.0218	0.1144	-0.0022	0.0738	18.6513	11.7511	47.6904
15	24.6003	0.2683	3.9199	21.5685	-2.0837	19.6004	0.3354	0.1934	-1.0956	-0.6969	-0.0966	-0.609	1.1106	0.8117	-0.2388	0.0458	0.0213	-0.0308	0.1045	0.0213	0.0058	18.9354	4.3749	69.2702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	595 - 612	21 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	613 - 623	39 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	624 - 634	50 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	635 - 653	61 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	654 - 676	80 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	677 - 700	103 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	701 - 714	127 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	715 - 742	141 - 168
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	743 - 752	169 - 178
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	753 - 788	179 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	789 - 821	215 - 247
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	822 - 833	248 - 259
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	834 - 869	260 - 295
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	870 - 893	296 - 319
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	899 - 904	325 - 330

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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