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万見
- PDB-2gsc: Crystal Structure of the Conserved Hypothetical Cytosolic Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsc
タイトルCrystal Structure of the Conserved Hypothetical Cytosolic Protein Xcc0516 from Xanthomonas campestris
要素Putative uncharacterized protein XCC0516
キーワードUNKNOWN FUNCTION / four-helix bundle / homopentamer / pentameric toroid
機能・相同性23S rRNA-intervening sequence protein / 23S rRNA-intervening sequence protein / 23S rRNA-intervening sequence / 23S rRNA-intervening sequence superfamily / de novo design (two linked rop proteins) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Four helix bundle protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Lin, L.Y. / Ching, C.L. / Chin, K.H. / Chou, S.H. / Chan, N.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the conserved hypothetical cytosolic protein Xcc0516 from Xanthomonas campestris reveals a novel quaternary structure assembled by five four-helix bundles.
著者: Lin, L.Y. / Ching, C.L. / Chin, K.H. / Chou, S.H. / Chan, N.L.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein XCC0516
B: Putative uncharacterized protein XCC0516
C: Putative uncharacterized protein XCC0516
D: Putative uncharacterized protein XCC0516
E: Putative uncharacterized protein XCC0516


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1025
ポリマ－73,1025
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9990 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.794, 104.257, 66.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-129-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein XCC0516 / conserved hypothetical protein / Conserved Hypothetical Cytosolic Protein Xcc0516


分子量: 14620.450 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: ATCC 33913 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PD29
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200mM KCl, 5mM MgCl2, 50mM Na cacodylate pH 6.0, 16%(w/v) 1,6-hexanediol, 100mM CsCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.9537, 0.97991, 0.97972
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.979911
30.979721
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 23060 / Num. obs: 22715 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.146 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.45→28.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 9.218 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.711 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1157 5.2 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.223 23060 --
obs0.22 22463 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4548 0 0 85 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9666214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6685560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36621.811243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.57415822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6781577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.23178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6251.52922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05124525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60831897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6794.51689
LS精密化 シェル解像度: 2.451→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 73 -
Rwork0.2 1419 -
obs-1492 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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