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万見
- PDB-2grz: 5ns Photoproduct of the M37V mutant of Scapharca HbI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2grz
タイトル5ns Photoproduct of the M37V mutant of Scapharca HbI
要素Globin-1
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / oxygen transport / allostery / laue / time-resolved crystallography / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Knapp, J.E. / Pahl, R. / Srajer, V. / Royer Jr., W.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Allosteric action in real time: Time-resolved crystallographic studies of a cooperative dimeric hemoglobin.
著者: Knapp, J.E. / Pahl, R. / Srajer, V. / Royer Jr., W.E.
履歴
登録2006年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月9日Group: Version format compliance
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Globin-1
B: Globin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1596
ポリマ－31,8702
非ポリマー1,2894
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.040, 43.930, 83.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
モデル数2
詳細The asymmetric unit includes an intact dimer which is the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 Globin-1 / Globin I / HbI / Dimeric hemoglobin


分子量: 15935.239 Da / 分子数: 2 / 変異: M37V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (無脊椎動物)
遺伝子: HbI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQL8 / 参照: UniProt: P02213
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 7.5
詳細: 57.5% Saturated Phosphate buffer, SMALL TUBES, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.0-1.4
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月7日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.41
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 38050 / Num. obs: 28081 / % possible obs: 73.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / % possible all: 33.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
Precognitionデータ削減
Epinormデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2GRH

2grh


解像度: 1.6→16.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2143404.42 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: This structure was refined using difference refinement. The structure factors submitted are a weighted Fo(5ns photoproduct) - Fo (no photolysis) synthesis. The A conformer is the initial ...詳細: This structure was refined using difference refinement. The structure factors submitted are a weighted Fo(5ns photoproduct) - Fo (no photolysis) synthesis. The A conformer is the initial starting CO-liganded structure (2GRH) and was not refined against the time-resolved crystallographic data. The B conformer was fitted to the time-resolved data with difference refinement. The occupancies were set based on the fraction of CO ligand photolyzed calculated from the integration of the negative electron density surrounding the CO molecule in its bound state.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.109 1361 4.8 %RANDOM
Rwork0.106 ---
obs0.106 28081 73.8 %-
all-38050 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.002 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.44 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.12 Å0.12 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→16.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 0 90 241 2561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 62 5.1 %
Rwork0.195 1160 -
obs--32.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3param19x.hemetoph19x.heme

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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