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- PDB-2grx: Crystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer mem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2grx
タイトルCrystal structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor for ferrichrome
要素
  • Ferrichrome-iron receptor
  • Protein tonB
キーワードMETAL TRANSPORT / BETA BARREL / OUTER MEMBRANE / HETEROCOMPLEX / INTER-PROTEIN BETA SHEET / PROTEIN-PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / siderophore transmembrane transport / siderophore-iron import into cell / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / siderophore transmembrane transport / siderophore-iron import into cell / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / virion binding / cell envelope / toxic substance binding / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / signaling receptor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal ...TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / DIPHOSPHATE / 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE / FERRICROCIN-IRON / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Protein TonB / Ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor / Protein TonB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pawelek, P.D. / Allaire, M. / Coulton, J.W.
引用ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure of TonB in complex with FhuA, E. coli outer membrane receptor.
著者: Pawelek, P.D. / Croteau, N. / Ng-Thow-Hing, C. / Khursigara, C.M. / Moiseeva, N. / Allaire, M. / Coulton, J.W.
履歴
登録2006年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / pdbx_entry_details ...chem_comp_atom / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrichrome-iron receptor
B: Ferrichrome-iron receptor
C: Protein tonB
D: Protein tonB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,87225
ポリマ－210,0494
非ポリマー6,82321
水00
1
A: Ferrichrome-iron receptor
C: Protein tonB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,32212
ポリマ－105,0252
非ポリマー3,29710
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
2
B: Ferrichrome-iron receptor
D: Protein tonB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,55013
ポリマ－105,0252
非ポリマー3,52611
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)234.32, 91.84, 138.51
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.86, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ferrichrome-iron receptor / Ferric hydroxamate uptake / Ferric hydroxamate receptor


分子量: 80051.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fhuA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AW740 / 参照: UniProt: P06971
#2: タンパク質 Protein tonB


分子量: 24973.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tonB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P94739, UniProt: P02929*PLUS

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)] ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)-[L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose-(1-6)-2-amino-2,3-dideoxy-alpha-D-glucoyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 940.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,5,4/[a2d22h-1a_1-5_2*N][Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a6-b1_b6-c2_c4-d2_c5-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1,3-deoxy-GlcpN]{[(6+1)][a-D-3-deoxy-GlcpN]{[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}[(5+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 19分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-FTT / 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID / 3-HYDROXY-MYRISTIC ACID / (R)-3-ヒドロキシテトラデカン酸


分子量: 244.370 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O3
#6: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#7: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#8: 化合物 ChemComp-EAP / 2-AMINO-VINYL-PHOSPHATE


分子量: 139.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6NO4P
#9: 化合物 ChemComp-FCI / FERRICROCIN-IRON


分子量: 770.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44FeN9O13
#10: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% polyethylene glycol 4000, 50 mM MES (pH 6.0), 75 mM NaCl, 5% glycerol, 0.7% C8E4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.932 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 39013 / Num. obs: 38697 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 68.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5883 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FCP

1fcp


解像度: 3.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 2325 6 %FREE R VALUE TEST SET SELECTION: SHELLS
Rwork0.284 ---
all0.297 39013 --
obs0.299 38697 99.2 %-
溶媒の処理Bsol: 25.447 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 98.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-23.31 Å20 Å220.3 Å2
2---17.87 Å20 Å2
3----5.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.49 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12108 0 425 0 12533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.676
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 372 -
Rwork0.4 --
obs-5883 97.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2lps_trunc.param
X-RAY DIFFRACTION3fci.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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