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万見
- PDB-2gr8: Hia 1022-1098 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gr8
タイトルHia 1022-1098
要素Adhesin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Trimeric autotransporter / adhesion / protein secretion / microbial pathogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / : / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / GSPII I/J protein-like ...Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / : / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / GSPII I/J protein-like / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Meng, G. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the outer membrane translocator domain of the Haemophilus influenzae Hia trimeric autotransporter.
著者: Meng, G. / Surana, N.K. / St Geme III, J.W. / Waksman, G.
履歴
登録2006年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin
B: Adhesin
C: Adhesin
D: Adhesin
E: Adhesin
F: Adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0466
ポリマ－59,0466
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Adhesin
C: Adhesin
D: Adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5233
ポリマ－29,5233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
2
B: Adhesin
E: Adhesin
F: Adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5233
ポリマ－29,5233
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.263, 82.261, 82.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Adhesin


分子量: 9840.964 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1128-1204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: strain 11 / プラスミド: pASK-iba12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(B834) / 参照: UniProt: Q48152
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 34% (w/v) MPD, 0.2 M NaNO3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 38510 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ProDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.498 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1950 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 38452 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3211 0 0 221 3432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8471.954369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5895462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.21125.52196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.31115522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7791513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1560.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2750.22300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0780.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0640.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1481.52343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.22923562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.39231036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6894.5807
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 140 -
Rwork0.211 2641 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3571-0.75830.19483.1438-0.57332.37130.0136-0.07720.03740.29970.12980.2965-0.2636-0.1289-0.1434-0.07550.03090.0449-0.1286-0.033-0.14467.228641.160212.8344
24.4271-0.6979-0.31981.43170.01061.0104-0.02720.24630.053-0.0377-0.0414-0.0968-0.0088-0.0550.0686-0.1612-0.02540.003-0.13760.0164-0.1535-3.222216.83782.8842
32.9411-0.91640.13712.155-0.27632.26140.13740.1801-0.1789-0.0185-0.04280.2473-0.01450.0233-0.0946-0.1425-0.0023-0.0054-0.1288-0.016-0.13667.906733.17965.7051
41.667-0.59780.58432.1637-0.88533.75380.02460.08860.1030.18310.0251-0.0638-0.32240.1603-0.0498-0.112-0.00380.026-0.1136-0.0298-0.143716.075939.96916.9541
52.81710.29-0.17113.16080.15541.4564-0.04390.0855-0.0823-0.2267-0.01590.14880.0646-0.01930.0598-0.13860.02350.0049-0.1358-0.0328-0.15522.823152.660828.9004
62.90530.28340.28292.28470.09531.7865-0.0581-0.13520.3256-0.0020.0090.1275-0.1496-0.07790.0491-0.16310.02850.0006-0.1363-0.0158-0.126731.527333.1262-4.8296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1021 - 109822 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2BB1021 - 109822 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3CC1021 - 109822 - 99
4X-RAY DIFFRACTION4DD1021 - 109822 - 99
5X-RAY DIFFRACTION5EE1021 - 109822 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6FF1021 - 109822 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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