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万見
- PDB-2gr7: Hia 992-1098 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gr7
タイトルHia 992-1098
要素Adhesin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Trimeric autotransporter / adhesion / protein secretion / microbial pathogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / GSPII I/J protein-like / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain ...Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / GSPII I/J protein-like / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Meng, G. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the outer membrane translocator domain of the Haemophilus influenzae Hia trimeric autotransporter.
著者: Meng, G. / Surana, N.K. / St Geme III, J.W. / Waksman, G.
履歴
登録2006年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin
B: Adhesin
C: Adhesin
D: Adhesin
E: Adhesin
F: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,74811
ポリマ－77,2166
非ポリマー1,5325
水5,981332
1
A: Adhesin
B: Adhesin
C: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2215
ポリマ－38,6083
非ポリマー6132
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
2
D: Adhesin
E: Adhesin
F: Adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5276
ポリマ－38,6083
非ポリマー9193
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.340, 56.296, 158.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 998 - 1098 / Label seq-ID: 29 - 129

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

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要素

#1: タンパク質
Adhesin


分子量: 12869.364 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1104-1204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: strain 11 / プラスミド: pASK-iba12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(B834) / 参照: UniProt: Q48152
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: 100 mM CHES, 12% PEG 4000 and 200 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 38510 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 11.022 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1902 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.227 ---
obs0.226 37886 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å2-0.18 Å2
2--1.24 Å20 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4177 0 104 332 4613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9655774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4315600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.61226.296135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14715687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2011516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.280.22979
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2741.53007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.35124608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90931453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4084.51166
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 691 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.090.05
2BTIGHT POSITIONAL0.080.05
3CTIGHT POSITIONAL0.060.05
4DTIGHT POSITIONAL0.060.05
5ETIGHT POSITIONAL0.060.05
6FTIGHT POSITIONAL0.060.05
1ATIGHT THERMAL0.080.5
2BTIGHT THERMAL0.080.5
3CTIGHT THERMAL0.080.5
4DTIGHT THERMAL0.070.5
5ETIGHT THERMAL0.080.5
6FTIGHT THERMAL0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 119 -
Rwork0.281 2356 -
obs-2475 86.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01320.1275-0.25160.9357-0.16033.11410.00220.3054-0.0478-0.28530.04080.08010.315-0.3461-0.043-0.119-0.01030.0016-0.1296-0.0274-0.065711.72314.76547.874
20.9048-0.05770.20050.724-0.19722.50080.03780.2988-0.0435-0.25480.0086-0.07050.12250.403-0.0464-0.14520.0130.0326-0.10430.0092-0.07322.08717.27648.115
30.9365-0.0603-0.22450.91250.222.92970.04020.26840.1321-0.28090.04650.0187-0.4026-0.0747-0.0867-0.11670.0071-0.0145-0.13570.0219-0.07214.73625.06648.326
40.86250.0959-0.51561.10230.37934.04190.04830.30680.056-0.32240.0398-0.0626-0.42050.0198-0.0881-0.10230.0088-0.0086-0.080.0205-0.061433.617-3.07448.032
51.1420.0526-0.31290.9116-0.61453.38520.00530.33180.0275-0.30530.03780.08110.1697-0.3769-0.0431-0.0931-0.0041-0.0171-0.0935-0.0158-0.071326.591-11.0948.031
60.9037-0.05250.56531.07180.23943.6146-0.00350.3292-0.0328-0.32390.0542-0.010.22970.2822-0.0507-0.0861-0.01760.0152-0.08940.0089-0.067337.022-13.16148.182
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 998 - 1098 / Label seq-ID: 29 - 129

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD
55EE
66FF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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