PDB-2gr7: Hia 992-1098

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gr7

タイトル

Hia 992-1098

要素

Adhesin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Trimeric autotransporter / adhesion / protein secretion / microbial pathogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane / protein transport / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Meng, G. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the outer membrane translocator domain of the Haemophilus influenzae Hia trimeric autotransporter.
著者: Meng, G. / Surana, N.K. / St Geme III, J.W. / Waksman, G.

履歴

登録	2006年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gr7.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gr7.ent.gz	95.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2gr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2gr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l8w-4 3vnx-d 2fyz-d 1rgx-d 1ewh-2 4g76-d 1buu-d 4g75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin

B: Adhesin

C: Adhesin

D: Adhesin

E: Adhesin

F: Adhesin

ヘテロ分子

78.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adhesin

B: Adhesin

C: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Adhesin

E: Adhesin

F: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.340, 56.296, 158.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 998 - 1098 / Label seq-ID: 29 - 129

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Adhesin 分子量: 12869.364 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 1104-1204 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: strain 11 / プラスミド: pASK-iba12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(B834) / 参照: UniProt: Q48152
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10 詳細: 100 mM CHES, 12% PEG 4000 and 200 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 38510 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 11.022 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	1902	5 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
all	0.227	-	-	-
obs	0.226	37886	98.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.614 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.16 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4177	0	104	332	4613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.401	1.965	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.431	5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.612	26.296	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.147	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.201	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.28	0.2	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.274	1.5	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.351	2	4608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.909	3	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.408	4.5	1166

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 691 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
5	E	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
6	F	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
5	E	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
6	F	TIGHT THERMAL	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	119	-
R_work	0.281	2356	-
obs	-	2475	86.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0132	0.1275	-0.2516	0.9357	-0.1603	3.1141	0.0022	0.3054	-0.0478	-0.2853	0.0408	0.0801	0.315	-0.3461	-0.043	-0.119	-0.0103	0.0016	-0.1296	-0.0274	-0.0657	11.723	14.765	47.874
2	0.9048	-0.0577	0.2005	0.724	-0.1972	2.5008	0.0378	0.2988	-0.0435	-0.2548	0.0086	-0.0705	0.1225	0.403	-0.0464	-0.1452	0.013	0.0326	-0.1043	0.0092	-0.073	22.087	17.276	48.115
3	0.9365	-0.0603	-0.2245	0.9125	0.22	2.9297	0.0402	0.2684	0.1321	-0.2809	0.0465	0.0187	-0.4026	-0.0747	-0.0867	-0.1167	0.0071	-0.0145	-0.1357	0.0219	-0.072	14.736	25.066	48.326
4	0.8625	0.0959	-0.5156	1.1023	0.3793	4.0419	0.0483	0.3068	0.056	-0.3224	0.0398	-0.0626	-0.4205	0.0198	-0.0881	-0.1023	0.0088	-0.0086	-0.08	0.0205	-0.0614	33.617	-3.074	48.032
5	1.142	0.0526	-0.3129	0.9116	-0.6145	3.3852	0.0053	0.3318	0.0275	-0.3053	0.0378	0.0811	0.1697	-0.3769	-0.0431	-0.0931	-0.0041	-0.0171	-0.0935	-0.0158	-0.0713	26.591	-11.09	48.031
6	0.9037	-0.0525	0.5653	1.0718	0.2394	3.6146	-0.0035	0.3292	-0.0328	-0.3239	0.0542	-0.01	0.2297	0.2822	-0.0507	-0.0861	-0.0176	0.0152	-0.0894	0.0089	-0.0673	37.022	-13.161	48.182

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 998 - 1098 / Label seq-ID: 29 - 129

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D
5	5	E	E
6	6	F	F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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