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- PDB-2gp4: Structure of [FeS]cluster-free Apo Form of 6-Phosphogluconate Deh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gp4
タイトルStructure of [FeS]cluster-free Apo Form of 6-Phosphogluconate Dehydratase from Shewanella oneidensis
要素6-phosphogluconate dehydratase
キーワードLYASE / N-terminal domain largely alpha-helical / C-terminal domain mainly beta-sheet (trefoil-like) / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphogluconate dehydratase / phosphogluconate dehydratase activity / Entner-Doudoroff pathway through 6-phosphogluconate / D-gluconate metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD C-terminal domain-like / : / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase C-terminal / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 2. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase, conserved site / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 1. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal ...6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD C-terminal domain-like / : / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase C-terminal / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 2. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase, conserved site / Dihydroxy-acid and 6-phosphogluconate dehydratases signature 1. / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase N-terminal / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phosphogluconate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Schormann, N. / Symersky, J. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of [FeS]cluster-free Apo Form of 6-Phosphogluconate Dehydratase from Shewanella oneidensis
著者: Schormann, N. / Symersky, J. / Karpova, E. / Zhang, Y. / Lu, S. / Qiu, S. / Bunzel, R. / Luan, C.-H. / Huang, W. / Luo, M. / Tsao, J. / Johnson, D. / Carson, M. / Zhou, Q. / Luo, D. / Gray, R. ...著者: Schormann, N. / Symersky, J. / Karpova, E. / Zhang, Y. / Lu, S. / Qiu, S. / Bunzel, R. / Luan, C.-H. / Huang, W. / Luo, M. / Tsao, J. / Johnson, D. / Carson, M. / Zhou, Q. / Luo, D. / Gray, R. / Cao, Z. / An, J. / Arabshahi, A. / Li, S. / Stinnett, M. / McKinstry, A. / Lin, G. / Shang, Q. / Chen, Y. / DeLucas, L.
履歴
登録2006年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydratase
B: 6-phosphogluconate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3932
ポリマ－135,3932
非ポリマー00
水9,962553
1
A: 6-phosphogluconate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6961
ポリマ－67,6961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 6-phosphogluconate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6961
ポリマ－67,6961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: 6-phosphogluconate dehydratase

B: 6-phosphogluconate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3932
ポリマ－135,3932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
Buried area3870 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area37670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.364, 118.649, 160.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 0 - 608 / Label seq-ID: 20 - 628

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological assembly is likely a monomer. The asymmetric unit contains two monomers related by a non-crystallographic 2-fold.

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要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydratase


分子量: 67696.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: edd / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: GenBank: 24348501, UniProt: Q8EEA0*PLUS, phosphogluconate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 5% PEG400, 50mM cacodylate, 3mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月8日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. all: 41534 / Num. obs: 41534 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Num. unique all: 4092 / Rsym value: 0.206 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.49→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 17.206 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The N-terminal His-tag (-19 to -1) is not visible in the electron density except for His (0). The inactive apo protein (no substrate) is cluster-free. The N-terminal domain, which normally ...詳細: The N-terminal His-tag (-19 to -1) is not visible in the electron density except for His (0). The inactive apo protein (no substrate) is cluster-free. The N-terminal domain, which normally contains the active site with a [4Fe-4S] cluster and a site for substrate-binding is largely disordered. Residues 34-89, 93-95, 106, 110-11, 181-199 and 226-230 are not visible in the electron density in chain a. in chain b residues 34-92, 106-107, 110-111, 155 and 181-230 are disordered and not visible in the electron density. In addition, side chains of residues 95, 97 and 98 in chain b are truncated because of missing electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2908 2086 5 %RANDOM
Rwork0.2295 ---
all0.2325 39386 --
obs0.2325 39386 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7563 0 0 553 8116
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11.98210391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.86351005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.21824.43298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.609151300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4021547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.25282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5371.55185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80128021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14632751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6754.52370
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3642 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.30.5
medium thermal0.372
LS精密化 シェル解像度: 2.491→2.556 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 164 -
Rwork0.228 2734 -
obs-2898 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4507-0.1977-0.08150.4102-0.01820.64-0.0554-0.02580.0017-0.00420.0508-0.0304-0.00220.00860.0045-0.0356-0.0093-0.0019-0.0138-0.0016-0.031823.086414.551623.5092
20.66670.3267-0.12930.50060.10370.7424-0.0146-0.0138-0.00740.0373-0.05410.00790.1028-0.03130.0687-0.0085-0.01390.0299-0.0508-0.0173-0.02198.5402-2.8088-16.6809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA0 - 60820 - 628
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 60820 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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