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- PDB-2got: Crystal structure of d(GCGAACGC): two types of bulge-containing d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2got
タイトルCrystal structure of d(GCGAACGC): two types of bulge-containing duplexes
要素DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')
キーワードDNA / intra-duplex and inter-duplex hand-in-pocket motifs / bulge-containing duplex / base-intercalated duplex / single stranded DNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Kondo, J. / Sunami, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: The structure of a d(gcGAACgc) duplex containing two consecutive bulged A residues in both strands suggests a molecular switch
著者: Kondo, J. / Sunami, T. / Takenaka, A.
履歴
登録2006年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')
B: DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0312
ポリマ－5,0312
非ポリマー00
水905
1
A: DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')

A: DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0312
ポリマ－5,0312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
2
B: DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')

B: DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0312
ポリマ－5,0312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)26.830, 26.830, 226.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*(CBR)P*DGP*DAP*DAP*DCP*DGP*DC)-3')


分子量: 2515.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetrahydrochloride, 80mM sodium chloride, 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2spermine tetrahydrochloride11
3sodium chloride11
42-methyl-2,4-pentanediol11
5HOH11
6sodium cacodylate12
7sodium chloride12
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1.00, 0.91955, 0.92010
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.919551
30.92011
反射解像度: 2.602→25.147 Å / Num. obs: 1730 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.7412.70.2662.520741630.26664.9
2.74-2.9113.20.1594.128702180.15991.3
2.91-3.1116.90.1035.937172200.10399.8
3.11-3.36170.0558.840302370.05599.8
3.36-3.6818.20.0527.832801800.05299.7
3.68-4.11170.05211.331651860.05299.6
4.11-4.7515.90.04910.828711800.04999.5
4.75-5.8115.90.04711.223591480.04799.3
5.81-8.2214.40.04411.717691230.04498.9
8.22-25.1511.80.04111.6883750.04190.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DPSデータ削減
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.602→25.147 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 12.436 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.27 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 158 9.2 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.254 1726 92.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.68 Å20 Å2
2--1.36 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→25.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 378 0 5 383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6543658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0453422
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.420.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0613426
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8414.5658
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.807 3
Rwork0.461 71
obs-74
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1dna_free.param
X-RAY DIFFRACTION2brc.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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