ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.2.0005精密化 | DENZO | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.25→59.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.182 / SU ML: 0.027 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.21804 | 2231 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.21058 | - | - | - |
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all | 0.211 | 44291 | - | - |
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obs | 0.21095 | 42060 | 99.79 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.993 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.01 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.01 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.03 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 2 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→59.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 987 | 0 | 0 | 155 | 1142 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.006 | 0.022 | 995 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg0.928 | 1.959 | 1328 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg3.901 | 5 | 119 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg37.744 | 24.894 | 47 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg10.568 | 15 | 217 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg24.205 | 15 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.064 | 0.2 | 155 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.02 | 707 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.206 | 0.2 | 504 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.296 | 0.2 | 709 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.131 | 0.2 | 91 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.173 | 0.2 | 50 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.365 | 0.2 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.748 | 1.5 | 624 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.202 | 2 | 972 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.049 | 3 | 403 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.134 | 4.5 | 356 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.355 | 153 | - |
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Rwork | 0.351 | 3104 | - |
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obs | - | 3257 | 100 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.6574 | 0.2412 | -0.1268 | 1.4629 | -0.025 | 0.1777 | 0.0015 | 0.0327 | 0.0063 | 0.0414 | -0.0322 | 0.0112 | 0.0196 | -0.0025 | 0.0307 | -0.0204 | -0.0027 | 0.0078 | -0.0114 | 0.0093 | -0.0036 | 14.8035 | 49.4155 | 26.9141 | 2 | 0.8813 | 0.4644 | -0.8077 | 0.4435 | -0.3279 | 2.238 | 0.0395 | 0.0829 | 0.0846 | -0.0584 | 0.1091 | 0.0069 | 0.2776 | -0.1515 | -0.1485 | 0.0309 | -0.0148 | -0.024 | -0.0232 | -0.0021 | -0.0276 | -2.7965 | 30.2317 | 23.4994 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Label asym-ID | Auth seq-ID | Label seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | AA105 - 165 | 1 - 61 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | BB106 - 165 | 2 - 61 | | | | |
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