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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2goh | ||||||
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タイトル | Three-dimensional Structure of the Trans-membrane Domain of Vpu from HIV-1 in Aligned Phospholipid Bicelles | ||||||
要素 | VPU protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / trans-membrane helix / 16C bicelles / magnetic alignment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 receptor catabolic process / CD4 receptor binding / host cell membrane / viral release from host cell / monoatomic cation channel activity / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / Structural fitting | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Park, S.H. / De Angelis, A.A. / Nevzorov, A.A. / Wu, C.H. / Opella, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2006 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Transmembrane Domain of Vpu from HIV-1 in Aligned Phospholipid Bicelles. 著者: Park, S.H. / De Angelis, A.A. / Nevzorov, A.A. / Wu, C.H. / Opella, S.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2goh.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2goh.ent.gz | 26.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2goh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/2goh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/2goh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3742.689 Da / 分子数: 1 / 断片: Trans-membrane domain, residues 2-30 / 変異: Y29G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: VPU / プラスミド: pET31-b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q70625, UniProt: Q2NN19*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: PISEMA |
-試料調製
詳細 | 内容: 15N-uniformly or selectively peptide aligned in 16C bicelles (1,2-di-O-hexadecyl-sn-glycero-3-phosphocholine (16- O-PC) / 1,2-di-O-hexyl-sn-glycero-3-phosphocholine (6-O-PC) = 3.0, 28% w/v, 100% H2O 溶媒系: 100% H2O |
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試料状態 | 圧: ambient / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | 製造業者: Bruker / 磁場強度: 900 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: Structural Fitting / 開発者: Nevzorov, A.A. et al. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: Structural fitting / ソフトェア番号: 1 詳細: Orientational frequencies (15N chemical shift and 15N-1H dipolar coupling) for each amide site were used. |
代表構造 | 選択基準: minimized average structure |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: first 21 structures / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21 |