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- PDB-2go2: Crystal structure of BbKI, a Kunitz-type kallikrein inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2go2
タイトルCrystal structure of BbKI, a Kunitz-type kallikrein inhibitor
要素Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI
キーワードPROTEIN BINDING / BETA-TREFOIL FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI / Kunitz-type inihibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bauhinia bauhinioides (マメ科)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Navarro, M.V.A.S. / Garratt, R.C.
引用
ジャーナル: To be Published / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of BbKI, a kunitz-type kallikrein inhibitor devoid of disulfide bridges
著者: Navarro, M.V.A.S. / Oliva, M.L.V. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a novel Kunitz-type kallikrein inhibitor from Bauhinia bauhinioides
著者: Navarro, M.V. / Vierira, D.F. / Nagem, R.A. / de Araujo, A.P. / Oliva, M.L. / Garratt, R.C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Getting the most out of X-ray home sources
著者: Nagem, R.A. / Ambrosio, A.L. / Rojas, A.L. / Navarro, M.V. / Golubev, A.M. / Garratt, R.C. / Polikarpov, I.
履歴
登録2006年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9633
ポリマ－17,8391
非ポリマー1242
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.701, 64.143, 59.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit of the crystal contains a monomer, which represents the biological assembly

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要素

#1: タンパク質 Kunitz-type serine protease inhibitor BbKI


分子量: 17839.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia bauhinioides (マメ科) / 遺伝子: BbKI / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83052, UniProt: Q6VEQ7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8%(w/v) PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→26.44 Å / Num. obs: 14628 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.97 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 10.7 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.2 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20974 734 5 %RANDOM
Rwork0.16579 ---
obs0.16799 13850 95.66 %-
all-13850 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1260 0 8 160 1428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0221349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1731.9731842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.2025178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73523.79358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.30215223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.848158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.671.5864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50821368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4973552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3764.5467
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 51 -
Rwork0.204 942 -
obs-942 91.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.901 Å / Origin y: 58.142 Å / Origin z: 7.866 Å
111213212223313233
T-0.0287 Å20.0025 Å2-0.0031 Å2--0.0642 Å2-0.0166 Å2---0.0833 Å2
L1.7105 °2-0.1362 °2-0.4099 °2-1.2553 °20.5183 °2--1.3936 °2
S0.0335 Å °-0.1197 Å °0.1516 Å °0.0575 Å °0.0077 Å °-0.0257 Å °-0.0217 Å °-0.0055 Å °-0.0412 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1631 - 163
2X-RAY DIFFRACTION1AB - C700 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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