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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gn9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in complex with NADP and UDP-Glc | ||||||
![]() | UDP-GlcNAc C6 dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / Rossmann fold / TYK triad / SDR / enzyme / dehydratase / UDP-GlcNAc / NADP | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting) / lyase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Studies of FlaA1 from Helicobacter pylori Reveal the Mechanism for Inverting 4,6-Dehydratase Activity. 著者: Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Miller, W.L. / Demendi, M. / Anderson, E.M. / Harauz, G. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the two protomers in the asymmetric unit by the operations:(-Y,X-Y,Z) and (-X+Y,-X,Z) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38724.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O25511, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MES / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10% (v/v) PEG-200, 100 mM MES, 5% (v/w) PEG-3000, 4% (v/v) acetone, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18312 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Num. unique obs: 1849 / Χ2: 0.937 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1SB8 解像度: 2.8→50 Å / FOM work R set: 0.76 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 54.111 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 36
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Xplor file |
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