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万見
- PDB-2gn9: Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gn9
タイトルCrystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in complex with NADP and UDP-Glc
要素UDP-GlcNAc C6 dehydratase
キーワードLYASE / Rossmann fold / TYK triad / SDR / enzyme / dehydratase / UDP-GlcNAc / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting) / lyase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting) / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / : / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting) / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / : / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Studies of FlaA1 from Helicobacter pylori Reveal the Mechanism for Inverting 4,6-Dehydratase Activity.
著者: Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Miller, W.L. / Demendi, M. / Anderson, E.M. / Harauz, G. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2006年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2647
ポリマ－77,4492
非ポリマー2,8155
水1,36976
1
A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
ヘテロ分子

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
ヘテロ分子

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,79221
ポリマ－232,3486
非ポリマー8,44415
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
2
B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
ヘテロ分子

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2647
ポリマ－77,4492
非ポリマー2,8155
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.376, 112.376, 107.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The biological assembly is a hexamer generated from the two protomers in the asymmetric unit by the operations:(-Y,X-Y,Z) and (-X+Y,-X,Z)

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要素

#1: タンパク質 UDP-GlcNAc C6 dehydratase / flaA1 protein


分子量: 38724.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP0840 / プラスミド: pET23 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: O25511, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% (v/v) PEG-200, 100 mM MES, 5% (v/w) PEG-3000, 4% (v/v) acetone, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18312 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Num. unique obs: 1849 / Χ2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1SB8

1sb8


解像度: 2.8→50 Å / FOM work R set: 0.76 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1802 9.5 %random
Rwork0.22 ---
obs-18312 96.1 %-
溶媒の処理Bsol: 54.111 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.551 Å2-17.56 Å20 Å2
2---11.551 Å20 Å2
3---23.102 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5163 0 180 76 5419
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.4711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.4222
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.3252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.1042.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 36

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.8-2.830.378390.306322361
2.83-2.850.317500.264406456
2.85-2.880.385470.272452499
2.88-2.910.386530.275418471
2.91-2.940.334400.293461501
2.94-2.980.418470.271470517
2.98-3.010.319490.263450499
3.01-3.040.444460.275482528
3.04-3.080.331530.279437490
3.08-3.120.433430.246458501
3.12-3.160.304620.255461523
3.16-3.210.394500.29450500
3.21-3.250.394520.244473525
3.25-3.30.272450.173490535
3.3-3.350.304560.201448504
3.35-3.410.348540.234470524
3.41-3.460.331420.231488530
3.46-3.530.272430.215486529
3.53-3.60.285480.221456504
3.6-3.670.254530.193476529
3.67-3.750.341550.209457512
3.75-3.840.237510.18470521
3.84-3.930.216530.149461514
3.93-4.040.317420.168490532
4.04-4.160.264690.18456525
4.16-4.290.175490.137469518
4.29-4.440.328460.182487533
4.44-4.620.227450.169473518
4.62-4.830.23510.17478529
4.83-5.090.21540.163474528
5.09-5.410.245560.183474530
5.41-5.820.224540.188471525
5.82-6.410.359640.219458522
6.41-7.340.312520.201492544
7.34-9.250.228400.206502542
9.25-500.010.913490.651344393
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2nap_ni.par
X-RAY DIFFRACTION3upg_ni.par
X-RAY DIFFRACTION4mes_ni.par
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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