PDB-2gn6: Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gn6

タイトル

Crystal structure of UDP-GlcNAc inverting 4,6-dehydratase in complex with NADP and UDP-GlcNAc

要素

UDP-GlcNAc C6 dehydratase

キーワード

LYASE / Rossmann fold / TYK triad / SDR / enzyme / dehydratase / UDP-GlcNAc / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (configuration-inverting) / lyase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural Studies of FlaA1 from Helicobacter pylori Reveal the Mechanism for Inverting 4,6-Dehydratase Activity.
著者: Ishiyama, N. / Creuzenet, C. / Miller, W.L. / Demendi, M. / Anderson, E.M. / Harauz, G. / Lam, J.S. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2006年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gn6.cif.gz	151.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gn6.ent.gz	116.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gn6_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gn6_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2gn6_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	2gn6_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/2gn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/2gn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gn4C 2gn8C 2gn9C 2gnaC 1sb8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gn9-1 2gn8-1 2gn4-1 2gna-1 74 6mpd-1 1534 2xq1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

ヘテロ分子

80.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

ヘテロ分子

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

ヘテロ分子

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
241 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

ヘテロ分子

A: UDP-GlcNAc C6 dehydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
80.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.846, 109.846, 107.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

詳細

The biological assembly is a hexamer generated from the two protomers in the asymmetric unit by the operations:(-Y,X-Y,Z) and (-X+Y,-X,Z)

#1: タンパク質	UDP-GlcNAc C6 dehydratase / flaA1 protein 分子量: 38724.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP0840 / プラスミド: pET23 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: O25511, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc 分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10% (v/v) PEG-200, 100 mM MES, 5% (v/w) PEG-3000, 4% (v/v) acetone, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9803 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9803 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 20342 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.295 / Num. unique obs: 2010 / Χ²: 0.826

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1SB8

1sb8

解像度: 2.7→50 Å / FOM work R set: 0.812 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	1970	9.7 %	random
R_work	0.204	-	-	-
obs	-	19888	97.6 %	-

溶媒の処理

B_sol: 51.29 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.989 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.078 Å²	-5.157 Å²	0 Å²
2-	-	-0.078 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.156 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5163	0	186	168	5517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.278	1
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.89	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.242	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.708	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 39

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.7-2.72	0.383	44	0.278	399	443
2.72-2.75	0.362	57	0.251	445	502
2.75-2.77	0.386	46	0.256	431	477
2.77-2.8	0.335	59	0.235	448	507
2.8-2.83	0.336	50	0.238	439	489
2.83-2.85	0.304	49	0.233	454	503
2.85-2.88	0.31	40	0.21	454	494
2.88-2.91	0.293	62	0.221	453	515
2.91-2.95	0.25	52	0.229	439	491
2.95-2.98	0.331	56	0.248	457	513
2.98-3.02	0.264	43	0.214	462	505
3.02-3.05	0.35	47	0.239	460	507
3.05-3.09	0.298	46	0.24	466	512
3.09-3.13	0.353	56	0.222	463	519
3.13-3.17	0.28	43	0.221	454	497
3.17-3.22	0.307	48	0.227	467	515
3.22-3.27	0.296	41	0.216	468	509
3.27-3.32	0.285	62	0.201	448	510
3.32-3.37	0.252	50	0.222	454	504
3.37-3.43	0.319	50	0.228	478	528
3.43-3.49	0.306	46	0.24	455	501
3.49-3.56	0.321	53	0.197	468	521
3.56-3.63	0.243	56	0.207	450	506
3.63-3.71	0.249	55	0.195	464	519
3.71-3.8	0.261	60	0.207	468	528
3.8-3.89	0.211	50	0.16	463	513
3.89-4	0.252	51	0.175	459	510
4-4.12	0.216	55	0.166	471	526
4.12-4.25	0.222	52	0.156	472	524
4.25-4.4	0.199	43	0.16	478	521
4.4-4.58	0.199	44	0.147	476	520
4.58-4.79	0.184	59	0.149	455	514
4.79-5.04	0.202	52	0.153	465	517
5.04-5.35	0.204	55	0.161	472	527
5.35-5.77	0.396	48	0.231	473	521
5.77-6.35	0.279	49	0.23	467	516
6.35-7.27	0.291	51	0.211	473	524
7.27-9.16	0.174	38	0.152	499	537
9.16-500.01	0.282	52	0.238	451	503

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	nap_ni.par
X-RAY DIFFRACTION	3	ud1_ni.par
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	5	mes_ni.par

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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