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万見
- PDB-2gmv: PEPCK complex with a GTP-competitive inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gmv
タイトルPEPCK complex with a GTP-competitive inhibitor
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic
キーワードLYASE / GLUCONEOGENESIS / XANTHINE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine kinase activity (using GTP as donor) / Abacavir metabolism / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose ...protein serine kinase activity (using GTP as donor) / Abacavir metabolism / response to methionine / glycerol biosynthetic process from pyruvate / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / regulation of lipid biosynthetic process / tricarboxylic acid metabolic process / response to interleukin-6 / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / cellular response to fructose stimulus / carboxylic acid binding / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / Gluconeogenesis / cellular hyperosmotic salinity response / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / gluconeogenesis / response to activity / cellular response to glucose stimulus / response to insulin / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / glucose metabolic process / GDP binding / cellular response to tumor necrosis factor / glucose homeostasis / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Chem-UN8 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dunten, P.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: C-8 Modifications of 3-alkyl-1,8-dibenzylxanthines as inhibitors of human cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase.
著者: Pietranico, S.L. / Foley, L.H. / Huby, N. / Yun, W. / Dunten, P. / Vermeulen, J. / Wang, P. / Toth, K. / Ramsey, G. / Gubler, M.L. / Wertheimer, S.J.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: X-ray structures of two xanthine inhibitors bound to PEPCK and N-3 modifications of substituted 1,8-dibenzylxanthines.
著者: Foley, L.H. / Wang, P. / Dunten, P. / Ramsey, G. / Gubler, M.L. / Wertheimer, S.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of human cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase reveals a new GTP-binding site.
著者: Dunten, P. / Belunis, C. / Crowther, R. / Hollfelder, K. / Kammlott, U. / Levin, W. / Hanspeter, M. / Ramsey, G.B. / Swain, A. / Weber, D. / Wertheimer, S.J.
履歴
登録2006年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,0717
ポリマ－139,0592
非ポリマー1,0125
水2,378132
1
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3184
ポリマ－69,5301
非ポリマー7893
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7533
ポリマ－69,5301
非ポリマー2232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.011, 66.134, 137.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 145.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The enzyme is active as a monomer

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69529.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35558, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#4: 化合物 ChemComp-UN8 / N-(4-{[3-BUTYL-1-(2-FLUOROBENZYL)-2,6-DIOXO-2,3,6,7-TETRAHYDRO-1H-PURIN-8-YL]METHYL}PHENYL)-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-4-SULFONAMIDE


分子量: 565.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28FN7O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Biso Wilson estimate: 28.77 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 10.758 / SU ML: 0.252 / ESU R: 0.825 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 2231 4.99 %
Rwork0.217 --
obs-44751 75.7 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.775 Å20 Å24.512 Å2
2---5.207 Å2-0 Å2
3----4.603 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9430 0 62 132 9624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.95
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.665
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3853 49 -
Rwork0.264 1097 -
obs--29.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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