PDB-2gmq: Crystal structure of protein EF0006 from Enterococcus faecalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gmq

タイトル

Crystal structure of protein EF0006 from Enterococcus faecalis

要素

Hypothetical protein EF0006

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Enterococcus faecalis / Hypothetical protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

PUA domain-like fold / PUA domain-like domain / Pheromone response, PrgU-like domain / PrgU-like superfamily / PrgU-like protein / PUA-like superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of protein EF0006 from Enterococcus faecalis
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gmq.cif.gz	61.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gmq.ent.gz	46.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gmq_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gmq_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	2gmq_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	2gmq_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gg8-2 5iw1-3 2ial-2 4grm-1 4q6y-1 3axl-1 3qh3-2 6dfq-4 4ei6-2 3tzv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC28809

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein EF0006

B: Hypothetical protein EF0006

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical protein EF0006

B: Hypothetical protein EF0006

A: Hypothetical protein EF0006

B: Hypothetical protein EF0006

登録者が定義した集合体
55.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.122, 83.400, 83.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-119- HOH
2	1	B-119- HOH

詳細

Each of molecule A and B makes dimer with symmetry pair using operator (1-x, 1/2-y, z)

#1: タンパク質	Hypothetical protein EF0006 分子量: 13830.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q82YS4, UniProt: Q8KUD5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929, 0.97940

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97929	1
2	0.9794	1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 29350 / Num. obs: 28088 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 32.09

反射シェル

解像度: 1.75→1.76 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.76→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.876 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21663	1401	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1906	-	-	-
obs	0.19194	26281	93.75 %	-
all	-	26281	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1611	0	0	177	1788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.025	1.974	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.388	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.727	25.349	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.659	15	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.3	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.333	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.279	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.644	1.5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.064	2	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.419	3	854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.759	4.5	716
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.801 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	98	-
R_work	0.295	1713	-
obs	-	-	83.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7218	2.9608	-0.3251	7.4823	-2.4894	2.5781	-0.1397	0.0901	-0.2199	-0.4178	0.0151	-0.0673	0.194	-0.0353	0.1246	0.0442	-0.0285	0.0005	-0.2025	-0.0086	-0.1309	35.234	10.334	13.571
2	3.4025	2.07	-1.6418	4.921	-2.1806	3.4586	0.1375	0.0175	0.8931	0.0426	0.1375	1.0326	-0.2339	-0.1695	-0.275	0.0236	0.0153	0.0047	-0.1818	-0.0024	0.1354	26.119	17.192	17.985
3	2.9699	3.0668	-0.7427	4.7068	-0.9613	1.1694	-0.1822	0.2351	0.5903	-0.2813	0.2765	0.6297	-0.0624	-0.1102	-0.0943	0.0765	-0.0109	-0.0424	-0.1499	0.0005	0.021	33.44	16.965	14.619
4	6.8844	3.9103	0.7225	5.2111	-0.0286	2.4737	-0.0782	-0.1994	0.0591	0.041	-0.0641	0.144	-0.0215	-0.1486	0.1423	-0.0676	-0.0282	0.0018	-0.135	0.003	-0.1477	31.232	14.704	48.604
5	5.3442	2.4918	1.4075	3.2113	0.9058	3.0884	0.1298	0.0808	-0.8507	-0.0033	0.0925	-0.6995	0.1067	0.1799	-0.2223	-0.0639	0.0105	0.0253	-0.1855	-0.0218	0.0335	35.632	6.277	43.683
6	6.2263	4.724	1.8417	3.6672	1.0169	2.2887	0.5453	-0.542	-1.0177	0.4277	-0.4168	-0.9022	0.1958	0.0218	-0.1284	0.0332	-0.042	-0.0791	-0.0464	0.0882	0.0867	43.319	14.094	52.242

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	79 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	42 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	101 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	14 - 21
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	61 - 78
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	22 - 41
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	79 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	42 - 60
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	111 - 113

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関連情報:EMDBヘッダ

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