[日本語] English
万見
- PDB-2gmn: Crystal structure of BJP-1, a subclass B3 metallo-beta-lactamase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gmn
タイトルCrystal structure of BJP-1, a subclass B3 metallo-beta-lactamase of Bradyrhizobium japonicum
要素Metallo-beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Blr6230 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Calderone, V. / Benvenuti, M. / Stoczko, M. / Docquier, J.D. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2006
タイトル: Postgenomic scan of metallo-beta-lactamase homologues in rhizobacteria: identification and characterization of BJP-1, a subclass B3 ortholog from Bradyrhizobium japonicum.
著者: Stoczko, M. / Frere, J.M. / Rossolini, G.M. / Docquier, J.D.
履歴
登録2006年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase
B: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2678
ポリマ－59,8752
非ポリマー3926
水12,845713
1
A: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1344
ポリマ－29,9371
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1344
ポリマ－29,9371
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.501, 44.773, 76.966
Angle α, β, γ (deg.)78.92, 89.51, 61.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase


分子量: 29937.283 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 21-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 株: USDA 110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 27381341, UniProt: Q89GW5*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 0.4M Na acetate, 40% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.281302 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月30日
放射モノクロメーター: Si(311) and Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.281302 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→38.576 Å / Num. obs: 87661 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / % possible all: 77.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ProDCデータ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→38.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.319 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21322 8006 9.1 %RANDOM
Rwork0.17633 ---
all0.1797 79603 --
obs0.1797 79603 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.05 Å2-0.09 Å2
2--0.27 Å20.05 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 6 713 4757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9735586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.415526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94625.119168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72515712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.22006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0460.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8231.52680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27424206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8231611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6814.51380
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.07334291
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.9723719
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.91234038
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 434 -
Rwork0.275 4238 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る