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万見
- PDB-2gml: Crystal Structure of Catalytic Domain of E.coli RluF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gml
タイトルCrystal Structure of Catalytic Domain of E.coli RluF
要素Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
キーワードISOMERASE / pseudouridine synthase / RluF / ribosome / RNA modifying enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA pseudouridine2604 synthase / 23S rRNA pseudouridine(2604) synthase activity / maturation of LSU-rRNA from tetracistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA, 4.5S-rRNA, 5S-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tetracistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA, 4.5S-rRNA, 5S-rRNA) / rRNA pseudouridine synthase activity / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-L RNA-binding motif / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, catalytic domain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily ...Alpha-L RNA-binding motif / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, catalytic domain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F / Pseudouridine synthase, RsuA/RluB/E/F, conserved site / Rsu family of pseudouridine synthase signature. / Pseudouridine synthase I, catalytic domain, N-terminal subdomain / Pseudouridine synthase, RsuA/RluA-like / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / RNA pseudouridylate synthase / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dual-specificity RNA pseudouridine synthase RluF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sunita, S. / Zhenxing, H. / Swaathi, J. / Cygler, M. / Matte, A. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Domain Organization and Crystal Structure of the Catalytic Domain of E.coli RluF, a Pseudouridine Synthase that Acts on 23S rRNA
著者: Sunita, S. / Zhenxing, H. / Swaathi, J. / Cygler, M. / Matte, A. / Sivaraman, J.
履歴
登録2006年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6352
ポリマ－53,6352
非ポリマー00
水2,252125
1
A: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8181
ポリマ－26,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8181
ポリマ－26,8181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.714, 65.714, 215.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal large subunit pseudouridine synthase F / rRNA-uridine isomerase F / rRNA pseudouridylate synthase F


分子量: 26817.506 Da / 分子数: 2 / 断片: residues (-11)-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pF04 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P32684, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.2M potassium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792, 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 27726 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SOLVE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→45 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.287 2140 RANDOM
Rwork0.225 --
obs-27555 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 0 125 2750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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