PDB-2gm8: TenA Homolog/Thi-4 Thiaminase complexed with product 4-amino-5-hy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gm8

タイトル

TenA Homolog/Thi-4 Thiaminase complexed with product 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine

要素

tenA homolog/Thi-4 Thiaminase

キーワード

TRANSFERASE / THIAMINASE / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

thiaminase activity / thiamine metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sawaya, M.R. / Chan, S. / Han, G.W. / Perry, L.J. / Pashkov, I.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a TenA Homolog/Thi-4 Thiaminase from Pyrobaculum Aerophilum
著者: Sawaya, M.R. / Chan, S. / Han, G.W. / Pashkov, I. / Perry, L.J. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2006年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gm8.cif.gz	182.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gm8.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gm8_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gm8_full_validation.pdf.gz	503.1 KB	表示
XML形式データ	2gm8_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	2gm8_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gm8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gm7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gm7-d 3ibx-1 2qzc-2 2rd3-1 1ebf-d 6m5e-2 3kp0-3 3kp0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase

B: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase

C: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase

D: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.647, 94.287, 73.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	2 - 16	11 - 25
2	1	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	2 - 16	11 - 25
3	1	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	2 - 16	11 - 25
4	1	VAL	VAL	ARG	ARG	D	D	2 - 16	11 - 25
5	2	LEU	LEU	SER	SER	A	A	47 - 59	56 - 68
6	2	LEU	LEU	SER	SER	B	B	47 - 59	56 - 68
7	2	LEU	LEU	SER	SER	C	C	47 - 59	56 - 68
8	2	LEU	LEU	SER	SER	D	D	47 - 59	56 - 68
9	3	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	90 - 111	99 - 120
10	3	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	90 - 111	99 - 120
11	3	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	90 - 111	99 - 120
12	3	LYS	LYS	TYR	TYR	D	D	90 - 111	99 - 120
13	4	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	113 - 149	122 - 158
14	4	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	113 - 149	122 - 158
15	4	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	113 - 149	122 - 158
16	4	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	113 - 149	122 - 158
17	5	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	189 - 211	198 - 220
18	5	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	189 - 211	198 - 220
19	5	GLU	GLU	GLY	GLY	C	C	189 - 211	198 - 220
20	5	GLU	GLU	GLY	GLY	D	D	189 - 211	198 - 220
21	6	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	152 - 169	161 - 178
22	6	ASN	ASN	TYR	TYR	B	B	152 - 169	161 - 178
23	6	ASN	ASN	TYR	TYR	C	C	152 - 169	161 - 178
24	6	ASN	ASN	TYR	TYR	D	D	152 - 169	161 - 178
25	7	ILE	ILE	ASP	ASP	A	A	17 - 43	26 - 52
26	7	ILE	ILE	ASP	ASP	B	B	17 - 43	26 - 52
27	7	ILE	ILE	ASP	ASP	C	C	17 - 43	26 - 52
28	7	ILE	ILE	ASP	ASP	D	D	17 - 43	26 - 52
29	8	ALA	ALA	MET	MET	A	A	61 - 67	70 - 76
30	8	ALA	ALA	MET	MET	B	B	61 - 67	70 - 76
31	8	ALA	ALA	MET	MET	C	C	61 - 67	70 - 76
32	8	ALA	ALA	MET	MET	D	D	61 - 67	70 - 76

詳細

The asymmetric unit contains the biological assembly, a tetramer with D2 symmetry.

#1: タンパク質	tenA homolog/Thi-4 Thiaminase 分子量: 25234.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: str. IM2 / 遺伝子: tenA/thi4 (pag5_170) / プラスミド: pTrcHis-2-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZZM9, thiamine pyridinylase
#2: 化合物	ChemComp-HMH / 4-AMINO-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYLPYRIMIDINE / 2-メチル-4-アミノピリミジン-5-メタノ-ル分子量: 139.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉N₃O
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18 mg/mL protein was complexed with thiamine diphosphate and enzyme mediated catalysis produced 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine. Reservoir contains 20% PEG 8000, 0.1M Tris pH 8.5, ...詳細: 18 mg/mL protein was complexed with thiamine diphosphate and enzyme mediated catalysis produced 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine. Reservoir contains 20% PEG 8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶

マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18 mg/mL protein was complexed with thiamine diphosphate and enzyme mediated catalysis produced 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine. Reservoir contains 20% PEG 8000, 0.1M Tris pH 8.5, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled double-crystal silicon (111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→80 Å / Num. all: 32375 / Num. obs: 32375 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 53 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.058 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.299 / Num. unique obs: 3175 / Χ²: 1.016 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 2GM7

2gm7

解像度: 2.5→67.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 19.408 / SU ML: 0.207 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.792 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1533	5.1 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
all	0.189	30264	-	-
obs	0.189	30264	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.708 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.28 Å²	0 Å²	1.05 Å²
2-	-	-2.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→67.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6920	0	48	74	7042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	7174
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.964	9732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	11688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.453	5	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.007	22.798	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.166	15	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.95	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.3	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.3	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.21	0.5	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.5	3604
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.254	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.3	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.092	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.35	2	5545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.962	2	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.085	3	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.301	2	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.862	3	2914

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	956	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	B	956	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	C	956	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	D	956	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	1268	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
2	B	1268	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
3	C	1268	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
4	D	1268	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
1	A	956	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
2	B	956	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
3	C	956	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
4	D	956	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	A	1268	MEDIUM THERMAL	0.99	2
2	B	1268	MEDIUM THERMAL	1	2
3	C	1268	MEDIUM THERMAL	0.89	2
4	D	1268	MEDIUM THERMAL	0.93	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	105	-
R_work	0.243	2120	-
obs	-	2225	98.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9211	-0.11	0.1037	1.914	1.2493	1.377	-0.0459	0.3405	-0.0402	0.1538	0.0345	0.0305	0.1533	-0.0453	0.0114	-0.0552	-0.0959	0.0016	-0.0866	-0.0252	-0.0663	18.296	-21.032	-5.4789
2	1.534	-0.477	-0.3373	1.761	-0.1981	0.3739	-0.0031	-0.1694	0.0592	0.0002	0.1724	0.0713	0.1462	-0.171	-0.1693	-0.0954	0.047	0.0012	-0.1061	0.0814	-0.0606	5.1764	-8.5067	24.7992
3	2.2998	-1.899	-0.5538	2.2519	0.4893	2.4355	-0.1952	-0.2408	0.2842	0.2038	0.3689	-0.3695	-0.2312	0.3824	-0.1737	0.0552	0.0628	-0.0227	0.0254	-0.1467	0.0179	44.6026	-27.907	10.3109
4	1.8791	1.1272	0.1892	1.4654	0.587	3.2084	-0.0278	-0.1478	-0.2065	0.0386	0.2405	-0.2692	0.1748	0.5256	-0.2127	-0.0817	0.0987	0.0033	0.0455	-0.129	-0.0005	34.661	-1.715	33.339

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 212 / Label seq-ID: 10 - 221

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D

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関連情報:EMDBヘッダ

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