PDB-2glu: The crystal structure of YcgJ protein from Bacillus subitilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2glu

タイトル

The crystal structure of YcgJ protein from Bacillus subitilis

要素

ycgJ

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NYSGXRC / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Burke, T. / Gorman, J. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of YcgJ protein from Bacillus subitilis
著者: Burke, T. / Gorman, J. / Shapiro, L.

履歴

登録	2006年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年12月25日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2glu.cif.gz	110.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2glu.ent.gz	84.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2glu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2glu_validation.pdf.gz	923.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2glu_full_validation.pdf.gz	937.7 KB	表示
XML形式データ	2glu_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	2glu_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2glu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2glu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xxlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ol6-d 3daj-d 4h5f-3 4r1a-d 1xxl-1 5uh0-1 7l22-d 3v5j-1 6eu7-1 3ore-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-T1761

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ycgJ

B: ycgJ

ヘテロ分子

56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ycgJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ycgJ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.899, 73.639, 245.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ycgJ 分子量: 27263.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: Ycgj / プラスミド: modified Pet / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 2632602, UniProt: O31474*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M Am Sulfate, 0.1M Na Citrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月4日
放射	モノクロメーター: KOHZU DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 13553 / Num. obs: 13553 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0016	精密化
ADSC		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XXL

1xxl

解像度: 2.91→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 18.041 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 0.472 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28257	678	5 %	RANDOM
R_work	0.19234	-	-	-
all	0.19686	13505	-	-
obs	0.19686	13505	94.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3722	0	109	92	3923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	3908
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.648	1.959	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	6330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.822	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.949	23.9	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.478	15	638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.289	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.2	0.2	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.108	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.258	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.805	1.5	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.109	1.5	944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.019	2	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.509	3	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.343	4.5	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.908→2.982 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.49	59	-
R_work	0.365	917	-
obs	-	-	92.16 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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